蘑菇菌種的主要菌種型別按培養基的原料性質分類主要有糞草種、穀物菌種和液體菌種等，穀物種以麥粒菌種為最常用。液體菌種因培養環境要求無菌程度高，菌種儲存期短，使用期限制嚴格、運輸不便等原因，尚難於推廣。

（1）一級種培養基配方馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養基（PDA培養基）：去皮馬鈴薯200克，葡萄糖20克，瓊脂20克。水1000毫升，酸鹼度自然。

馬鈴薯綜合培養基（CPDA培養基）：去皮馬鈴薯200克，葡萄糖20克，磷酸二氫鉀3克，硫酸鎂1.5克，維生素B10.05毫克，瓊脂20克，水1000毫升，酸鹼度自然。

馬鈴薯酵母膏培養基（PDYA 培養基）：去皮馬鈴薯200克，葡萄糖20克，酵母膏1.5克，瓊脂20克，水1000毫升，酸鹼度自然。

麥皮葡萄糖培養基：麥皮50～70克，葡萄糖20克，瓊脂20克，水1000毫升，酸鹼度自然。

（2）二、三級種培養基配方糞草培養基：發酵麥稈（稻草）72%，發酵牛糞粉20%，麥皮5%，蔗糖1%，碳酸鈣1%，含水量62%～65%，酸鹼度自然。

牛糞粉培養基：發酵牛糞粉98%，碳酸鈣2%，含水量62%～65%，酸鹼度自然。

棉籽殼培養基：發酵棉籽殼97%，過磷酸鈣1%，石灰1%，碳酸鈣1%，含水量62%～65%，酸鹼度自然。

小麥牛糞粉培養基：小麥88%，牛糞粉10%，碳酸鈣2%，含水量適宜，酸鹼度自然。