這一時期琴樂思想的發展呈現出兩重性的特點：
一方面，兩漢時期形成的禮樂、修身等琴樂思想得以延續；另一方面，擺脫漢代禮樂思想束縛、追求琴樂自然之美的思想得到較大發展。
阮籍。《樂論》基本代表了阮籍的音樂思想，其提出平和恬淡的審美準則，要求音樂整齊劃一，排斥煩手淫聲，反對以悲為美。阮籍關於琴樂的直接論述不多，《樂論》中指出音樂與自然、治國的關係，強調琴樂以平和為美，反對悲樂。阮籍雖然反對悲樂，但在他的詩中卻有不少描寫悲怨之情，如《詠懷詩》，這表現出阮籍琴樂審美的兩重性：一方面在理論上否定悲樂，另一方面在實踐中又以悲為美，這種情況在阮籍、嵇康等魏晉名士身上都有表現。
嵇康。其琴樂思想，主要表現在兩個方面：第一在琴樂功用方面，提倡養生和自娛。《琴賦》：“可以導養神氣，宣和情志，處窮獨而不悶者，莫近於音聲也”，“顧茲梧而興慮，思假物以託心”；《琴贊》：“宣和養氣，介乃遐齡”；《養生論》：“綏以五絃，無為自得，體妙心玄”；《答難養生論》：“竇公無所服御而致百八十，豈非鼓琴和其心哉？此亦養生之一徵也”；《與山巨源絕交書》：“濁酒一杯，彈琴一曲，志願畢矣”。第二在琴樂審美方面，表現為崇尚自然、以和為美、以悲為美、輕音重意、反對禮樂、肯定琴樂的豐富表現力。《琴賦》：“含天地之醇和兮，吸日月之休光”，“翩綿飄邈，微音迅逝”，“鸞風和鳴戲雲中”，“眾葩敷榮曜春風”，“金石寢聲，匏竹屏氣，王豹輟謳，狄牙喪味”，“賦其聲音則以悲哀為主，美其感化則以垂涕為貴”，“料殊功而比操，豈笙籥之能倫”，等等；《兄秀才公穆入軍贈詩十九首》：“目送歸鴻，手揮五絃。俯仰自得，遊心太玄”，“琴詩自樂，遠遊可珍……長寄靈嶽，怡志養神”。
陶淵明。其琴樂思想注重琴樂的自娛功能，追求自然與音樂的和諧統一：《答龐參軍》“衡門之下，有琴有書，載彈載詠，爰得我娛”，《歸去來兮辭》“悅親戚之情話，樂琴書以消憂”，《時運》“清琴橫床，濁酒半壺。黃唐莫逮，慨獨在餘”；另外，《晉書·陶潛傳》記載有陶淵明的話“但識琴中趣，何勞弦上聲”。
謝希逸。《琴論》：“若夫心意感發，聲調諧應，大弦寬和而溫，小弦清廉而不亂，攫之深，酵之愉，斯為盡善矣”。突出琴樂的協調、平和。
宗炳。其琴樂思想追求音樂與自然的和諧統一，以達到融天地為一的境界：《畫山水渤》，“於是閒居理氣，拂觴鳴琴，披圖幽對，坐究四荒，不違天勵之聾，獨應無人之野”。
南北朝時期的一些琴詩也多體現隱逸士人塵世之外的澹泊、自然的生活，如：謝眺《和王中丞聞琴》“涼風吹月露，圓景動清陰。蕙風入懷抱，聞君此夜琴”；劉孝綽《秋夜詠琴》 “上宮秋露結，上客夜鳴琴。《幽蘭》暫罷曲，積雪更傳聲”，等等。
白居易。其琴樂思想注重琴樂的養生自娛功能，強調恬淡平和，排斥俗樂、鄭聲：《清夜琴興》“清泠由木性。恬淡隨人心。心積和平氣，木應正始音”；《鄧魴張徹落第》“古琴無俗韻，奏罷無人聽”，“眾耳喜鄭衛，琴亦不改聲”；《廢琴》“絲桐合為琴，中有太古聲。古聲淡無味，不稱今人情”；《夜琴》“蜀桐木性實，楚絲音韻清。調慢彈且緩，夜深十數聲。入耳淡無味，愜心潛有情。自弄還自罷，亦不要人聽”；《好聽琴》“本性好絲桐，塵機聞即空。一聲來耳裡，萬事離心中。清暢堪消疾，恬和好養蒙”。
薛易簡。《琴訣》：“琴之為樂，可以觀風教，可以攝心魂，可以辨喜怒，可以悅情思，可以靜神慮，可以壯膽勇，可以紀塵俗，可以格鬼神，此琴之善者也”，“聲正而不亂，足以禁邪止淫也”。指出琴樂的修身、抒情等功能，突出琴禁思想。
這一時期琴樂的功能突出在兩個方面：一是延續琴樂的治國、修身等功能，主要體現在阮籍、薛易簡等人的琴樂思想；二是延續發展琴樂的養身、修心、自娛等功能，主要體現在嵇康、陶淵明、白居易等人的琴樂思想。這一時期的琴樂審美主要表現為：以中和、平和、恬淡為美，肯定琴樂的豐富表現力，雖然阮籍、嵇康等人都有以悲為美的傾向，但總體來說排斥鄭聲、悲樂仍然是主流。
故宮博物院藏南宋清籟琴
清籟琴。仲尼式；通長121.2、隱間112.2、額寬17.6、肩寬18.2、尾寬13.0釐米；髹黑色光漆；鹿角灰胎。
這一時期琴樂思想的發展呈現出兩重性的特點：
一方面，兩漢時期形成的禮樂、修身等琴樂思想得以延續；另一方面，擺脫漢代禮樂思想束縛、追求琴樂自然之美的思想得到較大發展。
阮籍。《樂論》基本代表了阮籍的音樂思想，其提出平和恬淡的審美準則，要求音樂整齊劃一，排斥煩手淫聲，反對以悲為美。阮籍關於琴樂的直接論述不多，《樂論》中指出音樂與自然、治國的關係，強調琴樂以平和為美，反對悲樂。阮籍雖然反對悲樂，但在他的詩中卻有不少描寫悲怨之情，如《詠懷詩》，這表現出阮籍琴樂審美的兩重性：一方面在理論上否定悲樂，另一方面在實踐中又以悲為美，這種情況在阮籍、嵇康等魏晉名士身上都有表現。
嵇康。其琴樂思想，主要表現在兩個方面：第一在琴樂功用方面，提倡養生和自娛。《琴賦》：“可以導養神氣，宣和情志，處窮獨而不悶者，莫近於音聲也”，“顧茲梧而興慮，思假物以託心”；《琴贊》：“宣和養氣，介乃遐齡”；《養生論》：“綏以五絃，無為自得，體妙心玄”；《答難養生論》：“竇公無所服御而致百八十，豈非鼓琴和其心哉？此亦養生之一徵也”；《與山巨源絕交書》：“濁酒一杯，彈琴一曲，志願畢矣”。第二在琴樂審美方面，表現為崇尚自然、以和為美、以悲為美、輕音重意、反對禮樂、肯定琴樂的豐富表現力。《琴賦》：“含天地之醇和兮，吸日月之休光”，“翩綿飄邈，微音迅逝”，“鸞風和鳴戲雲中”，“眾葩敷榮曜春風”，“金石寢聲，匏竹屏氣，王豹輟謳，狄牙喪味”，“賦其聲音則以悲哀為主，美其感化則以垂涕為貴”，“料殊功而比操，豈笙籥之能倫”，等等；《兄秀才公穆入軍贈詩十九首》：“目送歸鴻，手揮五絃。俯仰自得，遊心太玄”，“琴詩自樂，遠遊可珍……長寄靈嶽，怡志養神”。
陶淵明。其琴樂思想注重琴樂的自娛功能，追求自然與音樂的和諧統一：《答龐參軍》“衡門之下，有琴有書，載彈載詠，爰得我娛”，《歸去來兮辭》“悅親戚之情話，樂琴書以消憂”，《時運》“清琴橫床，濁酒半壺。黃唐莫逮，慨獨在餘”；另外，《晉書·陶潛傳》記載有陶淵明的話“但識琴中趣，何勞弦上聲”。
謝希逸。《琴論》：“若夫心意感發，聲調諧應，大弦寬和而溫，小弦清廉而不亂，攫之深，酵之愉，斯為盡善矣”。突出琴樂的協調、平和。
宗炳。其琴樂思想追求音樂與自然的和諧統一，以達到融天地為一的境界：《畫山水渤》，“於是閒居理氣，拂觴鳴琴，披圖幽對，坐究四荒，不違天勵之聾，獨應無人之野”。
南北朝時期的一些琴詩也多體現隱逸士人塵世之外的澹泊、自然的生活，如：謝眺《和王中丞聞琴》“涼風吹月露，圓景動清陰。蕙風入懷抱，聞君此夜琴”；劉孝綽《秋夜詠琴》 “上宮秋露結，上客夜鳴琴。《幽蘭》暫罷曲，積雪更傳聲”，等等。
白居易。其琴樂思想注重琴樂的養生自娛功能，強調恬淡平和，排斥俗樂、鄭聲：《清夜琴興》“清泠由木性。恬淡隨人心。心積和平氣，木應正始音”；《鄧魴張徹落第》“古琴無俗韻，奏罷無人聽”，“眾耳喜鄭衛，琴亦不改聲”；《廢琴》“絲桐合為琴，中有太古聲。古聲淡無味，不稱今人情”；《夜琴》“蜀桐木性實，楚絲音韻清。調慢彈且緩，夜深十數聲。入耳淡無味，愜心潛有情。自弄還自罷，亦不要人聽”；《好聽琴》“本性好絲桐，塵機聞即空。一聲來耳裡，萬事離心中。清暢堪消疾，恬和好養蒙”。
薛易簡。《琴訣》：“琴之為樂，可以觀風教，可以攝心魂，可以辨喜怒，可以悅情思，可以靜神慮，可以壯膽勇，可以紀塵俗，可以格鬼神，此琴之善者也”，“聲正而不亂，足以禁邪止淫也”。指出琴樂的修身、抒情等功能，突出琴禁思想。
這一時期琴樂的功能突出在兩個方面：一是延續琴樂的治國、修身等功能，主要體現在阮籍、薛易簡等人的琴樂思想；二是延續發展琴樂的養身、修心、自娛等功能，主要體現在嵇康、陶淵明、白居易等人的琴樂思想。這一時期的琴樂審美主要表現為：以中和、平和、恬淡為美，肯定琴樂的豐富表現力，雖然阮籍、嵇康等人都有以悲為美的傾向，但總體來說排斥鄭聲、悲樂仍然是主流。
故宮博物院藏南宋清籟琴
清籟琴。仲尼式；通長121.2、隱間112.2、額寬17.6、肩寬18.2、尾寬13.0釐米；髹黑色光漆；鹿角灰胎。