其實提取細菌基因組DNA並不是要用到上面提到的所有試劑。
TE是用來浮起細菌的。如果是陽性菌的話最好是用溶菌酶處理一下。
SDS可以讓細胞裂解，並與核蛋白結合（當然也包括DNA）。蛋白酶K自然是降解蛋白的。到這一步可以直接用異丙醇沉澱，70%乙醇洗一次（洗去少量的鹽分）。涼得差不多再用少量TE溶解就得到DNA了。
當然，在蛋白酶K處理過後，也可以用1.4M NaCl沉澱一下蛋白（DNA在此濃度溶解度增加，而蛋白減小）。或者用酚：氯仿：異戊醇（25：:24:1）PH>7.8抽提，去蛋白。其後依舊用異丙醇沉澱，70%乙醇洗。
CTAB/NaCl功能與SDS相當，但一般用於提取植物基因組。
追問：
我所用的方法加試劑流程確實是這樣的。加入CTAB後沉澱很明顯，前面加入5mol/L NaCl後也有沉澱，但較少。另外，第6步加入氯仿：異戊醇也是為了去蛋白嗎？
加入酚：氯仿：異戊醇（25：24：1）後離心，沉澱沒有沉到底部，而是在水相和有機相之間，這是為什麼？
回答：
氯仿：異戊醇也可以去蛋白，中間層的沉澱是不溶性的蛋白沉澱。因為密度比酚小，比水大，所以在中間層。細菌基因組是很好提的。你的流程太麻煩，可以再查查資料，減去一些。
其實提取細菌基因組DNA並不是要用到上面提到的所有試劑。
TE是用來浮起細菌的。如果是陽性菌的話最好是用溶菌酶處理一下。
SDS可以讓細胞裂解，並與核蛋白結合（當然也包括DNA）。蛋白酶K自然是降解蛋白的。到這一步可以直接用異丙醇沉澱，70%乙醇洗一次（洗去少量的鹽分）。涼得差不多再用少量TE溶解就得到DNA了。
當然，在蛋白酶K處理過後，也可以用1.4M NaCl沉澱一下蛋白（DNA在此濃度溶解度增加，而蛋白減小）。或者用酚：氯仿：異戊醇（25：:24:1）PH>7.8抽提，去蛋白。其後依舊用異丙醇沉澱，70%乙醇洗。
CTAB/NaCl功能與SDS相當，但一般用於提取植物基因組。
追問：
我所用的方法加試劑流程確實是這樣的。加入CTAB後沉澱很明顯，前面加入5mol/L NaCl後也有沉澱，但較少。另外，第6步加入氯仿：異戊醇也是為了去蛋白嗎？
加入酚：氯仿：異戊醇（25：24：1）後離心，沉澱沒有沉到底部，而是在水相和有機相之間，這是為什麼？
回答：
氯仿：異戊醇也可以去蛋白，中間層的沉澱是不溶性的蛋白沉澱。因為密度比酚小，比水大，所以在中間層。細菌基因組是很好提的。你的流程太麻煩，可以再查查資料，減去一些。