硒蛋白是從富硒植物中提取得到的富硒蛋白質。一般把硒以含硒半胱氨酸（Sec）形式摻入到多肽鏈的蛋白質稱為硒蛋白（Selenoprotein），而把其它結合硒的蛋白質統稱為含硒蛋白，有時為表達方便也把含硒蛋白稱為硒蛋白。

硒被植物吸收後，形成非常複雜的化學形態，分為無機硒和有機硒兩大類。

無機硒較少，包括硒酸、亞硒酸和其他一些無機形態(如Se一和HSe一)，且主要以Se(IV)形式存在。研究表明，植物體內的硒大部分為有機硒，佔總量的80%以上，其中又以蛋白硒為主。如大米中水溶性蛋白硒佔大米總硒含量的70%，大豆中水溶性蛋白硒佔75%，茶葉中水溶性蛋白硒佔80%。

小分子的有機硒形態主要是硒代氨基酸及其衍生物，主要有Se-甲基硒代半胱氨酸、硒代半胱氨酸、硒代甲硫氨酸、硒多肽、二甲基二硒醚、硒代高胱氨酸、硒代半胱氨酸亞硒酸、Se-丙烯基硒代半胱氨酸氧化物等。

植物中以大分子形態存在的硒則包括含硒蛋白、含硒核糖核酸、硒多糖等，其中硒蛋白是大分子硒的主要存在形態。硒結合入蛋白質可以透過兩種形式，一是在蛋白質合成時硒代甲硫氨酸隨機取代甲硫氨酸進入蛋白質，二是硒代半胱氨酸透過密碼子翻譯編碼到蛋白質中。有人把含有硒代甲硫氨酸的蛋白質稱為含硒蛋白，而含硒代半胱氨酸的蛋白質稱為硒蛋白。