馬皇后一共生了5個兒子。分別是：朱標、朱樉、朱棡、朱棣、朱橚。

1、朱標

（1355年10月10日—1392年5月17日），安徽鳳陽人，明太祖朱元璋長子（也是嫡長子），母孝慈高皇后馬氏，明惠宗朱允炆之父。

朱標於元至正十五年（1355年）九月出生在太平商人陳迪家中。朱元璋稱吳王時便將其立為世子，隨宋濂學習經傳[1] 。自幼受到悉心教導，明太祖對他寄予厚望，多方培養。洪武元年（1368年）正月立為皇太子，正式確立他為接班人。

2、朱樉

（1356年12月3日—1395年4月9日），濠州鍾離（今安徽鳳陽）人，明太祖朱元璋第二個兒子 [1] ，懿文太子朱標同母弟，明成祖朱棣同母兄，母親孝慈高皇后馬皇后，《南京太常寺志》記載為李淑妃所生，明代九大攘夷塞王之一。

3、朱棡

（1358-1398年）濠州鍾離（今安徽省鳳陽縣）人，明太祖朱元璋第三子，母孝慈高皇后馬氏（馬皇后），《南京太常寺志》記載為李淑妃所生，九大攘夷塞王之一。洪武三年（1370年）四月封晉王，洪武十一年（1378年）就藩太原。

4、朱棣

明成祖朱棣（1360年5月2日-1424年8月12日），明太祖第四子，明朝第三位皇帝，年號永樂，故後人稱其為永樂帝、永樂大帝 等。

5、朱橚

（1361年—1425年），安徽鳳陽人。明朝宗室，醫學家。明太祖朱元璋第五子，明成祖朱棣的胞弟，生母待考證（因與朱棣同母，且朱棣本身生母存疑，故其生母可能性有二。孝慈高皇后馬氏或碽妃）。