一、小作坊食品加工許可證辦理主要有以下幾方面困難：1、生產場地：取食品生產許可證對生產場地的選址，工藝流程，要求人流物流要分開防止交叉汙染，配備消毒裝置，通風系統，採光等都有嚴格要求。2、生產人員：食品生產許可證稽核,要求必須要有實驗室,滿足產品出廠檢驗要求。化驗員執證上崗，所以需要企業自己去培訓化驗員.3、裝置設施：取證有明確的生產裝置和檢測裝置要求.而小作坊對這些裝置的投入費用一般都很難承擔.二、辦理食品生產許可證需要準備的材料：1、有效期內名稱預先核准通知書（或營業執照）影印件；2、組織機構程式碼證影印件；3、法定代表人、負責人或投資人的資格證明或身份證影印；4、經備案的企業標準（無國家標準企業採用的企業標準）；5、生產加工場所有關情況、平面圖（標尺寸、面積等主要引數）及其有權使用證明材料（房產證、土地使用證或租賃合同）；6、周圍環境平面圖；7、各功能間佈局圖影印件（標尺寸、面積等主要引數）；8、裝置佈局圖；9、工藝流程圖（附關鍵引數說明）；10、當地環保部門核發的符合要求的證明檔案影印件(環境影響批覆及驗收報告或環保主管部門出具的證明檔案)；11、產品出廠檢驗報告、原始記錄、產品比對實驗報告、委託檢驗協議及報告；12、產品使用說明書或產品標籤；13、各項質量安全產管理制度文字及清單；14、生產裝置、檢驗裝置清單及有權使用證明(購買憑據、合同或企業自我承諾書)；15、現行有效的國家、地方、行業標準清單及文字；16、生產過程中所需的各種規程、作業指導書等工藝檔案；17、原輔材料、包裝材料、食品新增劑等產品供應商的生產許可證、營業執照、合格檢驗證明或報告；18、申請書格式文字；19、各項企業質量安全記錄（與質量安全管理制度相對應）；20、其它相關證明檔案（如：員工健康證、檢驗員證等）。