疾控中心和醫院承擔著衛生領域不同的職能，疾控中心重點在於公共衛生領域：包括急性傳染病防控、慢性非傳染病監測、計劃疫苗指導、突發重大公共衛生事件應急處理等；醫院則重點在臨床治療和研究，相對而言公共衛生方面比較弱。如果疾控中心合併到醫院，有利也有弊：

利：疾控中心合併到醫院，那麼首先就是有疾控中心承擔的疾病監測任務劃歸醫院，這樣在工作過程中各環節會比較順暢，在一定程度上會對醫院公共衛生工作起到加強作用，對於醫院臨床治療及疾病院內防控工作有重要意義。

弊：目前醫院和疾控中心獨立執行，在公共衛生方面疾控中心對醫院有一個監督作用。我們都知道很多醫院對公共衛生工作力度較弱，一方面影響臨床診療工作，很多醫生認為公共衛生就是他們的負擔，會給他們增加工作量；另一方面公共衛生不能給醫院創收，屬於基礎科室。如果疾控中心合併到醫院，這個監督作用將會消失，同時公共衛生多年來工作機制與成果會因為醫院側重臨床治療工作而弱化，從大的層面來說不利於公共衛生的發展。

疾控中心作用是什麼，它的工作重心在哪裡，是誰在幹。公共衛生，疾病控制，等都是醫院在幹活，那還不如合併到醫院呢！本身只是制定又不是操作者，醫院兼職人員就可以幹好了，還要疾控人員幹什麼呢？完全由醫院管理，相互統籌協調，就可以取締了，怎麼會談及利弊呢？何來利弊只說呢？

一個是政府部門，服務物件轄區所有人群；一個是市場主體，服務物件只是部分求醫的人。

疾控中心對醫院的診療過程進行監督，防止院內感染的發生，有監督醫院的智慧，醫院內部也有控制院內感染的管理部門。如果併入醫院，相當於撤銷疾控中心。

這個政府部門不能撤銷，現在大資料時代，這個部門應該成立全民健康檔案中心，把每位華人健康納入電子管理，建立全華人民健康檔案，讓各醫院每次檢查開藥治療都有據可查，看起來花費不少，但是長遠看會節省很多醫療費用，一家醫院檢查，全部留檔，每次檢查都有比較，資料通用，這對國民健康有很大益處，對醫院重複檢查也能很好杜絕，對每個醫院每位醫生也是考核，大資料時代應該發揮更好作用從點滴做起，積累病號資料，建立醫療檔案庫，為國民健康打下堅實基礎

一個cdc拿著醫院臨床醫生掙來的錢你說為誰服務，聽科長的、院長的，上面還有局長的，然後見不到誰了。這改革改回到褲襠裡了。