配置培養基的原則有：

1、選擇適宜的營養物質： 所有微生物生長繁殖均需要培養基含有碳源、氮源、無機鹽、生長因子、水及能源，但由於微生物營養型別複雜，不同微生物對營養物質的需求是不一樣的，因此首先要根據不同微生物的營養需求配製針對性強的培養基。

2、營養物質濃度及配比合適： 培養基中營養物質濃度合適時微生物才能生長良好，營養物質濃度過低時不能滿足微生物正常生長所需，濃度過高時則可能對微生物生長起抑制作用。

3、控制pH條件： 培養基的pH必須控制在一定的範圍內，以滿足不同型別微生物的生長繁殖或產生代謝產物。各類微生物生長繁殖或產生代謝產物的最適pH條件各不相同，一般來講，細菌與放線菌適於在pH7-7.5範圍內生長，酵母菌和黴菌通常在pH4.5-6範圍內生長。

4、控制氧化還原電位： 不同型別微生物生長對氧化還原電位(F)的要求不一樣，一般好氧性微生物在F值為+0.1V以上時可正常生長，一般以+0.3一+0.4V為宜，厭氧性微生物只能在F值低於+0.1V條件下生長，兼性厭氧微生物在F值為+0.1V以上時進行好氧呼吸，在+0.1V以下時進行發酵。

6、滅菌處理： 要獲得微生物純培養，必須避免雜菌汙染，因此對所用器材及工作場所進行消毒與滅菌。對培養基而言，更是要進行嚴格的滅菌。