硝化菌分液態和固態（粉狀）2種。液態可以再每週的兌換水刷洗魚缸時，在將新水兌入主缸前倒入硝化菌（或摻入固態、粉狀硝化菌也是一樣的）然後攪動水體，充分溶解攪勻。再緩慢兌入主缸。也可以直接將固態乾粉硝化菌新增在過濾器中，撒入即可。也可以用少量的魚缸水在一個容器裡調勻在緩慢的倒入濾水槽內。這一過程也應該在每週的例行公事兌換水、刷洗魚缸時進行。但這不是決定執行的。沒有嚴苛要求，需要的時候即可新增。水族箱中如果沒有硝化細菌的存在，必然會面臨氨含量的激增的危險，不論您採用何種方法或任何水族用品都不能徹底解決這個問題。當水中的氨濃度達到水族生物致命濃度時，對於任何一種水族生物而言，結果可能都是一樣的--那就是死亡，這時您一定會心疚不已。但如果水中含有足夠數量的硝化細菌為您不斷地解除水中的氨，則整個水族生態平衡系統的穩定性將獲得確保，並使水族生物安全地生活於水族箱中。硝化細菌不能當做殺菌藥物使用，硝化細菌只是可以抑制其他細菌滋生。當魚生病時應該直接對症下藥，不要用高濃度的硝化細菌作治療藥劑，這樣很可能就耽誤了疾病治療的最佳時期。硝化細菌可以在正常養殖中適時的補充，來抑制其他細菌的滋生，從而達到預防細菌性疾病的效果。2.硝化細菌並無淨水的功效。它只是可以分解氨氮和亞硝酸鹽等對魚有毒害作用的物質;抑制藍藻、裸藻等有害藻類，但是它並不能分解大顆粒的雜質和藻類。正確的處理水質混濁、懸浮物多的辦法是用一些EM菌(乳酸菌、酵母菌等)來分解和絮凝，搭配過濾系統將雜質過濾出去。3.新水族箱應採取一定措施後再投放硝化細菌。很多人在新購水族箱中加滿自來水後，立即倒入大量硝化細菌，所謂“開缸”，應該知道硝化細菌也需要廢物(氨氮、亞硝態氮)做“食物”，在新水中往往缺少這些物質，造成硝化細菌活化後，由於缺少“食物”而大量死亡，反而影響了水質。