天下剛剛從大亂趨於平穩，帶著戰亂後遺症很正常，又不止明朝是這樣。就是本朝，不照樣剿匪，你能說那是不得民心嗎

一是亂世，二是朱元璋珠玉在前，你想一個要飯的都當了皇帝，其他有點點想法的還不得蠢蠢欲動。朱元璋為什麼殺那麼多功臣，因為那個時代誰的起點都比他高，稍有不臣之舉自然易受猜忌。

朱元璋對天下過度兇殘的管控，使得社會資源流動性變得極差。當時的天下居然會出現這種現象:這處老百姓糧食爛在穀倉裡，一百里外的老百姓卻可能手裡捧著銅錢吃觀音土。

元末政治腐敗，民不聊生...百姓都活不下去了，萬民都省生活在水深火熱之中。在這種情況中，仁人志士都揭竿而起，。唯有朱元璋，承天之志成功帶領天下窮苦人驅除韃虜恢復中華，在位期間整頓吏治，治理貪汙等，所作所為皆是聖君所為。洪武之制實至名歸。

但是大明王朝剛建立，一切都在重新建立中，百廢待興中。還有地方還沒做到位，或者有些垃圾還沒收拾掉，再好的生活也會誕生野心家，種種原因，哪裡會讓人都滿意，那個時代能做到天下人大部分都有飯吃估計就是盛世了。

(洪武三年（1370年），廣西陽山縣民十萬餘反、福建泉州陳同反、山東青州孫古樸聚眾反，自號黃巾。襲擊莒州，殺同知。

洪武十四年（1381年）廣州的曹真和蘇文卿等叛亂，眾數萬，戰船一千八百艘；明廷派南雄趙庸率步騎舟一萬五千人，再加上廣東由參政閻屯，千戶張惠率領的本省軍隊，聯合鎮壓。同年，福建福安縣民江志賢聚眾八千反。

洪武十五年（1382年）廣東剷平王叛亂。趙庸再次前去鎮壓，斬首八千八百餘。

洪武十八年（1385年）湖廣剷平王吳奤兒繼洪武十一年(1378年)叛亂逃脫後再次造反。

明廷派信國公湯和率領大軍號稱二十萬，前往鎮壓。

洪武二十二年（1389年）江西贛州廈三聚眾萬人反。明廷派出胡海，陳桓，葉升，兵33500人，動用三個侯這麼大的陣勢，在明初也是少見的。

洪武二十八年（1395年）廣西瑤族、壯族萬人叛亂。明廷派徵南將軍楊文率軍鎮壓，斬叛亂軍18360，斬家屬8280人。

洪武三十年（1397年）陝西沔縣高福興等叛亂，打敗漢中衛明軍，攻陷略陽，徽州，文縣。明廷派長興侯耿炳文，武定侯郭英統明軍數萬鎮壓。

以上就是洪武年間規模比較大的叛亂。)

大抵明洪武年間的農民起義確實很多，但也沒有達到題主所言的一百多次的程度。實際上中國封建王朝無論哪個時期，幾乎都有農民起義爆發，只是沒有王朝末期規模那麼浩大，影響那麼大而已。