故事發生於九十年代，拖拉機工人鐵頭（成龍飾）冒著生命危險偷渡前往日本，決定找他那位到了日本留學的女朋友秀秀（徐靜蕾飾）。他在日本投靠同村好友阿杰（吳彥祖飾），與其餘偷渡客共住在同一個屋簷下，過著發達社會的下流生活、幹著粗活，但生活所迫人令他們的挖泥工作難以趕上物價急速通脹的生活。 　　正當鐵頭放棄找尋秀秀之際，赫然發現她已改名為結子，成為日本黑幫“三合會”副會長江口利成（加藤雅也飾）的妻子。鐵頭遂決定在日本落地生根並改善生活，往後更於夜店相識了從事媽媽桑的麗麗（范冰冰飾）。 　　他們於當地無法從事正當職業，鐵頭說服阿杰一同開始違法勾當，令生活素質得以改善，並學習日語為求融入社會，讓自己成為有文化的人。他們的一群人勢力越來越強，生活漸見起色，所有兄弟也視鐵頭為他們的領袖。 　　可惜一天膽小的阿杰在盜取售賣機裡的錢時顯得慌張，被一向受江口保護的外來黑幫老大高捷（高捷飾）識破，並把他打至殘廢，自此阿杰亦性情大變。鐵頭決定替阿杰報仇，恰巧發現高捷想取江口性命，遂把江口救出。江口縱然知道鐵頭與結子是舊情人，但仍與鐵頭惺惺相惜，並讓鐵頭替他教訓高捷並把他趕走，完事後江口便替他弄一張日本身份證作回報，鐵頭遂把高捷打至殘廢。 　　鐵頭取得身份證後便打算離開眾人並於其它地區開小店做生意，讓阿杰及其餘人繼續他之前的業務。但他的寧靜生活卻被他曾救其一命的警察北野（竹中直人飾）打破，北野警告鐵頭他的同鄉已觸犯不少嚴重罪案，阿杰殘廢後變得大膽兇狠，警方已成立檔案“新宿事件”來調查華人犯罪紀錄，並把從前與鐵頭為伍的一幫人視為日本最大的華人犯罪組織。 　　鐵頭查明真相後決定與北野合作，他希望所有的兄弟回頭是岸，但眾人見鐵頭帶了北野前來，誤認為他要出賣一眾兄弟。而江口此時只一心成為日本幫會的領袖，欲把掌握了他罪證的北野及鐵頭殺死。另一面，江口的敵人挾持了結子，她性命危在旦夕…… 　　江口、阿杰、鐵頭、北野四人再次碰面。另外，高捷亦帶來一批殺手打算幹掉江口，五路人馬聚首要把舊賬一次算清，一場腥風血雨的廝殺局面一觸即發…… 　　電影花絮：《新宿事件》是爾冬升用十年時間蒐集資料籌備的電影，描寫了華人在東京的一段曲折驚險經歷。 　　根據片方在戛納所述，成龍在片中角色上遭遇很大挑戰，其中的一個看點是：成龍將會在影片最後“死去”，為整部影片畫上悲慘句號。 　　而作為影片配角、被成龍帶入行的吳彥祖從日本拍完該片回來時透露，一直趕拍新片《新宿事件》很累，為這部戲瘦了5公斤，“我比以前瘦了很多”。在場的人描述，“從吳彥祖眼中清晰的血絲可以看出來，這部戲讓他沒少受罪”。而范冰冰、徐靜蕾兩位女演員，則出演了她們職業生涯中少有的負面角色，其中以在片中飾演“媽媽桑”角色的范冰冰為甚。