【好氧法】好氧生物處理是在有遊離氧（分子氧）存在的條件下，好氧微生物降解有機物，使其穩定、無害化的處理方法。微生物利用廢水中存在的有機汙染物（以溶解狀與膠體狀的為主），作為營養源進行好氧代謝。

【過程】有機物被微生物攝取後，透過代謝活動，約有三分之一被分解、穩定，並提供其生理活動所需的能量；約有三分之二被轉化，合成為新的原生質(細胞質)，即進行微生物自身生長繁殖。後者就是廢水生物處理中的活性汙泥或生物膜的增長部分，通常稱其剩餘活性汙泥或生物膜，又稱生物汙泥。在廢水生物處理過程中，生物汙泥經固—液分離後，需進行進一步處理和處置。

【優缺點】好氧生物處理的反應速度較快，所需的反應時間較短，故處理構築物容積較小。且處理過程中散發的臭氣較少。缺點就是需持續曝氣，耗能大，執行費用高，產生的汙泥量大。

【適用範圍】目前對中、低濃度的有機廢水，或者說BOD濃度小於500mg／L的有機廢水，基本上採用好氧生物處理法。

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【厭氧法】厭氧生物處理是在沒有遊離氧存在的條件下，兼性細菌與厭氧細菌降解和穩定有機物的生物處理方法。

【過程】在厭氧生物處理過程中，複雜的有機化合物被降解、轉化為簡單的化合物，同時釋放能量。在這個過程中，有機物的轉化分為三部分進行：部分轉化為CH4，這是一種可燃氣體，可回收利用；還有部分被分解為 CO2、H20、NH3、H2S等無機物，併為細胞合成提供能量；少量有機物被轉化、合成為新的原生質的組成部分。由於僅少量有機物用於合成，故相對於好氧生物處理法，其汙泥增長率小得多。

【優缺點】廢水厭氧生物處理過程不需另加氧源，故執行費用低。此外，它還具有剩餘汙泥量少，可回收能量（CH4）等優點。其主要缺點是反應速度較慢，反應時間較長，處理構築物容積大等。此外，為維持較高的反應速度，需維持較高的反應溫度，就要消耗能源。

【適用範圍】對於有機汙泥和高濃度有機廢水(一般B005≥2 000mg/L)可採用厭氧生物處理法。