第一,兩者發生法律效果的方式不同。法律行為依當事人的意思表示而發生法律效果,這一法律效果源自法律行為對行為人意思自治的容認,即法律對法律行為產生的意思後果只能給予合法性評價,而非在內容上的事先假設和規定。與此相反,事實行為僅僅取決於法律規定,當事人實施行為並不具有追求某種法律效果的意圖。或者說,這種意圖的有無並不影響法律效果的發生,而只要符合一定的規定便能產生法律效果。

第二,法律行為只能產生法律效果,事實行為卻能同時產生法律效果和事實效果。如,簽訂買賣合同是一種法律行為,它的法律後果是出賣人承擔交付標的物義務而買受人承擔支付價款的義務,但是事實效果——買受人成為標的物的所有人,出賣人成為價款的所有人——卻並不隨之發生。而拾得遺失物作為一種事實行為,其法律效果和事實效果是同時發生的,拾得人依法律規定取得該物的所有權是法律效果,拾得人對拾得物的實際佔有則是事實效果。由此可見,法律行為的效力實際上來自法律的擬製,而事實行為的法律效果則以其事實效果為基礎。

第三,法律行為是從事實行為中分離出來的,它離開事實行為則無獨立的意義。從前述的法律行為概念產生的歷程可以得知,法律行為產生的基礎是設定權利義務的意思表示行為與履行義務的行為相分離,但分離只是針對“分步進行”而言,法律行為並不能離開事實行為而單獨起作用,因為法律行為不發生事實效果,它所設定的權利義務只能透過事實行為才能得到切實的履行。因此不需要履行的行為不可能是法律行為。

第四,從事實構成來看,事實行為必須具有法定的構成要件,如此才能體現其客觀性和法定性的特徵。各國民法對事實行為一般作出詳盡而直接的規定,內容涉及行為的主客觀構成要件、持續狀態及其產生的後果。事實行為的各構成要件有機聯絡,不相獨立,惟有符合全部法律規定的行為才構成這一類的事實行為。而法律行為實質在於意思表示,從一定意義上說不存在事實構成問題,因為法律不可能對其意思表示作出具體的規定,而只能抽象概括其意思表示的合法範圍。

第五,法律行為的主觀意思和客觀活動在內容上並不一致,再以買賣合同為例,合同當事人的主觀意思是互易貨物和價款,在客觀活動上卻表現為談判和簽訂文書;事實行為的主觀意思與客觀活動在內容上則是概括一致的,一致才能構成相應的行為。在即時交易這種事實行為中,當事人的主觀意思和客觀活動都是指向交付貨物和價款,不存在“表裡不一”的現象。