清嘉慶十五年，上承康、雍、幹三代盛世豐績，再加惡吏和|已誅，朝野內外一片昇平景象。然而，皇帝的後宮中，千百年來，仍是一片了無休止的爭鬥光景，比諸於政壇上男人們的角逐，更見動魄驚心，血肉模糊。

　　此間，六宮之首雖為皇后鈕鈷祿氏，但得寵當道者，實為另一鈕鈷祿氏如妃。

時值三年一屆選秀入宮，秀女玉瑩為貴族之後，姿色過人，遂成為同屆佳麗針對物件。另有秀女爾淳，實乃內務府徐萬田所策動，話說昔日和|貪汙成風，牽動朝野上下，萬田亦為箇中好者，十數年前嘉慶怒斬和|，萬田膽顫心驚，只怕追溯株連，想出以美色保命之計，十年內自民間收養姿色卓越之稚女，加以聲色藝訓練，以其它朝一登龍門，代為美言，但因六宮中派系林立，敵我難辨，萬田唯有隱密行事。

　　另有宮女蘇完尼瓜爾佳。安茜，年將廿五，一心期盼屆滿出宮，好與祖母團聚，只因天生一副正直心腸，目睹如妃對秀女玉瑩多番欺負，心感不值，若非為怕連累，宮女安茜早已仗義出手相扶。

　　御醫孫白揚與父孫清華五代仕為太醫院中人，可是父子二人早年因誤會而鬧翻，至令同門而不共住，同事而不共歡。

而兒子白揚為人風趣，體貼女人心思，頻被後宮女主召喚會診，實質深閨寂寞，以求雄斗斗真漢子一言半語來作安慰。白揚處事小心，未有違倫常下，奔走於後宮脂粉叢中，遊刃有餘。

　　此時，市井貧農孔武，因緣際會，時來風送，得進禁宮為差役，與御醫白揚不打不相識，另亦因此而與宮女安茜結下不解情緣。

其時，正是如妃把應屆秀女眾人，於股掌中把弄個不亦樂乎之時，滿以為已將眾人馴服旗下，御醫白揚卻意外洞悉秀女玉瑩實非胸無城府之輩。玉瑩雖為貴族之後，但因為庶室所出，家中地位倍不如人，亦因此學懂妻妾成群中，脫穎而出之道，初是裝作愚魯，以求如妃放下戒心收歸門下，可是被爾淳陷害，遭如妃摒棄，此時，萬田漁人得利，亦藉此良機插贓嫁禍，令如妃失寵，被皇帝冷落，爾淳亦乘時而起，受封貴人，得蒙帝寵。

　　玉瑩被冷待期間，宮女安茜不離不棄侍候在旁，眼見如妃失勢，玉瑩再得皇后憐惜，一心準備年滿離宮，與家人團聚，誰料祖母上京探訪，不幸墮崖而亡，安茜一時間頓失所依，幸孔武在旁勸道開解，安茜終找到一生所依。不過又好事多磨，安茜意外得悉祖母之死並非意外，而是皇后所為，終決定放棄愛情，矢志報仇，一心接近皇帝以助其勢。

果如所料，皇帝得見安茜，垂涎美色，終又策封為嬪，至此眾人誤以為安茜心思早變，已不甘一世為他人作嫁衣，並不知安茜苦衷。惟此舉令孔武傷心不已，亦令玉瑩與安茜主僕反目。

　　而如妃地位下放，人情冷暖，最後竟只得孔武以德報怨，處處相扶，孔武亦從中明白如妃本性並非惡毒之徒，一切只因人在江湖，為求生存，亦得隨波逐流。

　　玉瑩心有不甘，為了自安茜手中奪回皇上寵愛，不惜一切誓與安茜一爭長短。相反地，爾淳因萬田突然暴斃而失卻人生目標所依，最後在白揚勸慰下，明白要重拾個人幸福，竟相求白揚助力，意圖逃出紫禁城。一時間，白揚被兩女子左右為難。

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金枝欲孽的大結局： 皇后趁皇帝不在皇宮，決乘天理教闖宮之亂行事，解決眼中釘。玉瑩藉詞恭送福雅靈柩上路，見白揚一面，欲挽留他在身邊，惜白揚心意已決，爾淳因而得悉玉瑩懷有白揚孽種。如玥看穿皇后之詭計，不肯聽命移駕至儲秀宮。 孔武奉命...