無菌冷灌裝只採用uht超高溫瞬時殺菌，對物料的熱處理時間不超過30秒；而熱灌裝採用的殺菌方式使物料長時間處在高溫狀態下，嚴重影響產品口感、色澤以及熱敏性營養素（如維生素）含量。

相對來說無菌冷灌裝更好一點

果汁或者酸性瓶裝和紙盒裝的飲料灌裝分無菌冷灌裝和熱灌裝兩種方式。

冷灌裝是將產品超高溫殺菌後冷卻到常溫，在人為製造的無菌環境當中，灌裝到用雙氧水殺菌後的瓶子或紙盒裡，瓶蓋也經過雙氧水殺菌旋緊。冷灌裝對產品口感，營養品質影響較小，PET材料使用也較少，但裝置投入相對於熱灌裝要多1倍左右。

熱灌裝是將產品高溫殺菌後以90度左右的溫度灌裝到瓶子裡，旋好蓋後，用物料本身的溫度對瓶子和蓋進行最後殺菌。這樣產品保持高溫狀態較長，對其口感，營養造成的破壞較多。

一般牛奶，瓶裝水，匯源等紙盒裝的純果汁飲品基本上都是冷灌裝。

PET瓶比較硬的，厚的一般是熱灌裝，屋頂包也有部分是熱灌裝。

在無菌大包裝領域，也存在冷灌裝和熱灌裝。

無菌冷灌裝是將濃縮後的果汁，果醬殺菌後冷卻灌到220升的大桶裡，保質期有一年以上。

熱灌是採用18升的鐵皮桶，將85~90的物料灌到裡面後，也是用物料對桶殺菌，然後在冷卻，相對來說，這種工藝對產品營養破壞較大，生產效率低，費時費能，大多已經被淘汰。