一般由溶劑輸送系統、進樣系統、分離系統（色譜柱）、檢測系統和資料處理與記錄系統組成，具體包括儲液器、輸液泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀或資料工作站等幾個部分結構組成。

各結構作用如下：

1. 溶劑輸送系統

儲液器：用來貯存數量足夠、符合要求的流動相。配有溶劑過濾器，以防止流動相中的顆粒進入泵內。

脫氣器：脫氣的目的是為了防止流動相從色譜柱內流出時釋放出氣泡進入檢測器，從而引起噪聲，不能正常檢測。

輸液泵：將儲液器中的流動相連續不斷地以高壓形式進入液路系統，使樣品在色譜柱中完成分離過程。

梯度洗脫裝置：是在分離過程中透過逐漸改變流動相的組成增加洗脫能力的一種裝置。

2. 進樣系統

進樣器：是將樣品送入色譜柱的裝置，進樣方式可以分為兩種：閥進樣或自動進樣。比較常用的是採用自動進樣器裝樣。

3. 分離系統

色譜柱：對樣品進行分離，是整個色譜系統的心臟，它的質量優劣直接影響到分離的效果。

4. 檢測系統

檢測器：將色譜柱連續流出的樣品組分轉變成易於測量的電訊號，被資料系統接收，得到樣品分離的色譜圖。

5. 資料處理和記錄系統

對色譜資料進行處理，並參與HPLC儀器的自動控制。