印製時，增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印製；其他發票，按照國務院主管部門的規定，分別由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印製。

使用時，增值稅專用發票是認證期限為360天，增值稅普通發票因為不可以抵扣所以無限制。此條可能有地方政策差異，按當地管理辦法實行。

抵扣時，增值稅專用發票能抵扣，增值稅普通發票不可以抵扣。

發票的作用不同：增值稅專用發票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證；而普通發票除運費、收購農副產品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。

只有增值稅一般納稅人才能開具增值稅專用發票.作為既有普通發票又有增值稅專用發票的單位來說,開具這兩種發票所交的稅都是一樣的(兩種發票稅率是一樣的). 而作為接受發票的單位則不同,如果接受發票的單位是增值稅一般納稅人,它接受增值稅專用發票可以抵扣稅金,而接受普通發票就不能抵扣稅金.如果接受發票的單位是小規模納稅人,那麼,不論它接受的是不是增值稅專用發票,都不能抵扣稅金.

發票使用的主體不同：增值稅專用發票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，只能經稅務機關批准後由當地的稅務機關代開；普通發票則可以由從事經營活動並辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。