生物細胞可分為兩類，一類比較原始，結構簡單，沒有成形的細胞核，細胞質中也沒有線粒體、葉綠體、內質網等複雜的細胞器，這一類細胞稱為原核細胞；另一類細胞結構比較複雜，有核膜包圍的成形的真正的細胞核，細胞質中有各種型別的細胞器，稱為真核細胞。

根據細胞的有無以及細胞結構特點的不同，人們把微生物分為三大類，它們是原核細胞型微生物，例如細菌和放線菌；真核細胞型微生物，如真菌；非細胞型微生物，例如病毒等。

微生物個體很小，一般只有用顯微鏡把它們放大幾百倍或幾千倍，乃至幾十萬倍才能看清楚它們。

微生物結構都很簡單；往往都是單細胞的，也就是說，一個細胞就是一個獨立的生命體了。像無處不在的細菌、主要存在於土壤中的放線菌以及我們平時發麵蒸饅頭用的酵母菌等，都是單細胞微生物。

而有的微生物如病毒，小得連一個細胞都不是，它們專門生活在活細胞內。一個細胞裡可以裝下許多個病毒。在普通的光學顯微鏡下根本看不到病毒，只有在電子顯微鏡下把它們放大幾萬倍甚至幾百萬倍才能看清。

還有一些微生物的結構和生活介於細菌和病毒之間，它們有了類似細胞的結構，但是比細菌更簡單，像病毒一樣，也本能獨立生活，必須寄生在活細胞內，如引起流行性斑疹傷寒的立克次氏體，引起人體原生性非典型肺炎的支原體，引起沙眼的衣原體等。

在微生物王國裡，真菌屬於真核細胞型微生物，它們的結構要比細菌、放線菌複雜一些。除了酵母菌是單細胞的以外，絕大多數真菌都是由許多細胞構成的。

真菌細胞的結構與高等植物細胞相差無幾。在夏天裡，如果食品放久了或衣物管理不當，就會長毛髮黴，這是最常見的真菌，叫作黴菌。當然，在微生物的“小人國”裡也有“巨人”，我們用肉眼就可以看到，如餐桌上常見的蘑菇、木耳、銀耳、猴頭菇等大型食用真菌。

地球上的微生物種類成千上萬，它們無處不在，無所不能。可以說，我們每時每刻都在與微生物打著交道，甚至在我們的面板上、骨和腸道里也有大量微生物的存在。