真菌感染最常見的真菌是各類蕈類，另外真菌也包括黴菌和酵母等引起的面板軟組織的感染。

根據侵犯人體部位的不同，臨床上將致病真菌分為淺部真菌和深部真菌。

淺部真菌（癬菌）僅侵犯面板、毛髮和指（趾）甲，而深部真菌能侵犯人體面板、黏膜、深部組織和內臟，甚至引起全身播散性感染。

感染可區分為：表面感染，面板感染，皮下組織感染，深部感染和條件性感染。而血液中的真菌感染使血液中的某些物質被真菌感染。對於這種血液真菌感染應該是蠻嚴重的，因為血液是提供人體能量的重要攜帶體，它的迴圈能保證機體正常的工作。

真菌感染不簡單，不僅僅是說菌群的“不簡單”，其次治療方式“不簡單”。真菌包括很多種類菌群，現在已經發現了七萬多種真菌，估計只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入動物或植物，現在成為自己的界，分為四門。真菌自成一門，和植物、動物和細菌相區別。真菌和其他三種生物最大的不同之處在於，真菌的細胞有含甲殼素（又叫幾丁質、甲殼素、殼多糖）為主要成分的細胞壁，和植物的細胞壁主要是由纖維素組成的不同。

植物和動物都是由細胞組成的，細胞內都有細胞核，而微生物中只有真菌具有真正的細胞核和完整的細胞器，故又稱真核細胞型微生物。常見的感染性真菌包括念珠菌、隱球菌、麴黴菌等等，常見的真菌感染部位比如腳氣、真菌性鼻竇炎、真菌性陰道炎、還有真菌性肺炎等等。

真菌的形態多樣，一般分為單細胞和多細胞，比如酵母菌屬於單細胞，而黴菌屬於多細胞的真菌。真菌也不同於普通的細菌、病毒，用普通的抗生素抗感染、抗病毒藥物治療是沒有用的，必須要用特定“抗真菌藥物”治療，而一般的抗真菌藥物價格比抗生素、抗病毒藥物昂貴的多；其次，“抗真菌”治療週期也是很長的，最重要的是，真菌感染有一個特性，就是難治療、易復發 的特性，治療期間困難，好不容易治療好了，也存在復發的可能性。