蓮藕的莖為地下莖，橫生於土中，栽培時多用種藕作播種材料。種藕頂端有個頂芽、個葉芽和個較小的副芽，節上有鱗片和側芽。栽植後，頂芽和側芽均可萌發成細長的鞭狀根莖，又稱藕鞭或蓮鞭。蓮鞭有主鞭和側鞭之分，主鞭由多節組成，每節長度不一，初生的短，後生的長。主鞭節部抽生分枝，即側鞭，側鞭節部還可以二次分生，每支種藕能生蓮鞭十幾條或更多，從而形成一個龐大的植株。

藕是由蓮鞭先端膨大而形成的。主鞭先端幾節形成的新藕，叫“主藕”、“親藕”或“母藕”。主藕由 3～7 節構成或更多，因品種和環境條件的不同而有差異。藕最前一節較粗短，稱為“藕頭”藕頭的前面（先端）有頂芽；最後一節細而長，稱為“後把節”；中間各節較長而肥大，稱為“藕身”，也稱“中節”。在主藕的節間部分生的藕鞭膨大而形成的藕，稱之為“子藕”，子藕一般 2～4 節，子藕的節數、大小與生長在主藕的部位有關，主藕先端的子藕小，節數也少，甚至只有節，愈向後部，子藕愈大，節數也愈多。子藕的節部分生的蓮鞭膨大而形成的藕，稱之為“孫藕”，“孫藕”較小，只有1～2 節，支主藕上著生子藕和孫藕齊全的藕，稱之為“全藕”或“整藕”。

藕的皮色為白色或黃白色，其上多散生有淡褐色的皮點。藕中有細絲和孔道。細絲在藕折斷後仍不斷，所以有“藕斷絲連”之說。孔道縱直多個，並與蓮鞭、葉柄中的孔道相通，進而經荷葉中心的葉臍相接，進行氣體交換。