應該說，劉裕發家就是平定東晉“五斗米”邪教。這個邪教給東晉安定造成了極大經濟破壞，而且多次聚眾謀反，劉裕先後鎮壓孫恩，盧循兩次造反。可謂對此立功至偉。

在當時，東晉的一些豪門貴族信奉張角傳下來的五斗米教。隨著時間的推移，逐漸發展為邪教。雖經朝廷數次鎮壓都沒有徹底剷除。

東晉安帝公元399年底，五斗米教教徒骨幹孫恩，鼓動流民與教徒造反，攻克上虞縣，再克會稽，誅殺王獻之（王羲之）及其諸子。就連謝安的兩個兒子謝衝，謝邈都被殺掉了，建康震動。由於孫恩深知東晉腐敗無能，天下怨之。顧以邪教鼓動造反。孫恩造反之所以如此容易，就是因為教徒遍及社會各個階層，信邪教的中下級官員在東晉州城府縣更是多如牛毛。一旦起事就如黃河之水滾滾而來。順流而下，勢不可擋。孫恩以邪教頭子的身份在會稽自稱徵東將軍，所過之處的官員一律宰殺分屍，不服從之百姓全家族滅，簡直是殘忍之極，滅絕人性。東晉立即任命劉牢之為主帥，與謝炎（謝安之子）帶兵平叛。這一平叛，引出南北朝最後一位大英豪，就是劉裕。

劉裕寒族潑皮無賴出身，以織蓆販履為生。由於軍卒數量不足，劉牢之四處徵兵，劉裕有人命在身，只好加入軍隊的反邪教組織。躲避追捕。在一次外出巡邏的時候，劉裕遇見賊兵數千人。劉裕地痞出身，也不怕死，帶著幾百人殺進賊群，大開殺戒。幾經廝殺，最終賊軍害怕大敗而逃。這一幕被劉牢之的兒子劉敬宣看個一清二楚，大為驚奇，劉寄奴（劉裕小名）一戰成名。邪教再厲害也打不過國家的軍隊，孫恩被殺的屍橫遍野。自己則帶著部分教眾逃亡海外，這是劉裕第一次鎮壓邪教暴亂，之不過當時名聲不顯。五斗米”教在東晉的根基很深，孫恩死後。盧循與徐道覆成為邪教教主，邪教頭子盧循和徐道覆趁劉裕平定燕國之際，帶領邪教徒殺奔建康，東晉朝廷震動。

盧循，字於先，也算是官宦之後，文人出身。但娶了孫恩的妹妹為妻，由於成為邪教頭子的妹夫，前程算是完了，孫恩死後，盧循繼任成為邪教頭子。帶著殘兵敗將逃竄到廣州，朝廷不願意多生是非，加封盧循為廣州刺史，當時的廣州是不毛之地，朝廷想讓盧循自生自滅就算了。但劉裕發兵南燕的訊息傳出以後，盧循的姐夫，也是邪教二把手徐道覆認為機會來了，他親自到廣州說服盧循道：朝廷一直把我們當心腹大患，現在劉裕伐燕，朝廷空虛，如果現在不發兵，等到劉裕平定南燕，發兵來此，你我死無葬身之地也。但現在我們發兵攻克建康，劉裕就是有通天之能，也是無可奈何。盧循以為然也。

於是二人立即開始籌備，徐道覆率先發兵佔領南康，直逼豫章（長沙）東晉鎮南將軍何無忌在豫章駐守。何無忌得知叛軍到來，立即帶領水軍迎敵，但由於指揮失誤，風向突變，戰船被大風颳到敵軍陣營。導致何無忌全軍覆沒，何無忌被叛軍分屍。那邊的盧循也沒有閒著，也是連戰連捷，相繼佔領岳陽，長沙。接到各地告急的朝廷大驚失色，立即傳訊給正在返回途中的l劉裕。劉裕得知以後（是否也覺得東晉朝廷太無能，不臣之心由此萌發？）急速返回建康，剛剛到達山陽，就看見逃跑的平民和逃兵無數。這才知道何無忌戰死。劉裕立即安撫平民，收攏殘兵，而平民和逃兵知道劉裕回來以後，平民馬上就穩定下來了，真是威名遠播，想想也是，孫恩都死在劉裕手上，孫恩的妹夫算個啥。根本不值一提。這時候，東晉撫軍將軍劉毅已經帶兵二萬解救建康而來。

徐道覆得知劉毅發兵建康對盧循道：劉毅志大才疏，無能之輩，你我二人聯手必敗之，徐盧二人頗會用兵，邪教徒一個個鬥志昂揚，在九江一場大戰，把劉毅殺的大敗而歸。朝廷得知劉毅敗北，嚇得慌慌不可終日，建康守軍不到一萬，而且都是豆腐兵，劉裕雖然在建康，但大軍還沒有趕到。大臣孟昶勸說安帝臨時撤出建康，劉裕堅決反對。言道，如果此時陛下離開建康，東晉立即土崩瓦解，必須堅守，等到待主力部隊到來。東晉朝廷採納了劉裕的意見，孟昶一時氣不過，居然服毒自殺，真是何苦來的。

就在劉裕積極守衛建康的時候，徐道覆和小舅子盧循的戰略思維發生分歧，徐道覆希望立即攻城，不給東晉和劉裕喘息的機會。而盧循則希望圍點打援。長期圍困，到時候建康人心必亂，建康城唾手可得。徐道覆哀嘆，此戰必敗已。但等了一段時間，建康很穩定，沒有混亂的跡象。盧循這才後悔，開始全力攻城，但時機已經錯過。長江水位爆漲，久攻不克，盧徐只好轉攻京口也不克。這時候各地勤王兵馬已到，荊州刺史劉道貴在江陵把徐道覆殺的大敗，東晉將軍孫處帶兵殺本奔盧循老巢。而徐盧得知老巢危險，回兵救援，這樣一來，正中劉裕下懷。在大雷佈下天羅地網，等著徐盧二人的到來，徐盧二賊做著戰船和帶領數萬大軍順江而下的時候，劉裕用小船撞擊敵軍大船，然後放火焚燒。頓時之間烈焰沖天，光淹死的叛軍就數萬。為避免全軍覆沒，徐道覆與盧循分兵逃跑。

公元411年，東晉將軍劉藩攻取始興，斬殺徐道覆。再說盧循，經過東晉數次追擊，盧循最後都跑到了交州（越南）交州刺史杜慧度緊緊追趕盧循，盧循已經知道自己難逃一死，問身邊姬妾，你們誰願意陪我一死，除了幾個真心愛上盧循的姬妾之外，大多數美女都表示不願意死，希望活著。盧循也很乾脆。把不願意死的姬妾都給宰了，把願意陪自己死的姬妾給予金銀偷偷安排逃跑，自己喝毒酒而死。至此，折騰東晉快二十年的五斗米教被徹底剷除，這個邪教組織消失了，而此時的東晉豪門大族，也被折騰的差不多了，恆溫家族，謝安家族，庾亮家族，王敦家族等等江東原有的大族現在幾乎族滅。這次些豪門的覆沒，也為新的豪門崛起提供了機會，也為以後劉裕登基掃除了障礙。

這裡是不請自來的守仁君

首先這個事件怎麼著也和邪教不挨邊，像洪秀全那樣透過宗教蠱惑人心煽動民眾為其私慾拼命，那是邪教。但是當時東晉的情況已然是官逼民反，老百姓在東晉王朝的統治下都快活不下去了，這時候正好孫恩和他爹裝神弄鬼那麼多年積贊下不少人氣，振臂一呼自然被老百姓認為是他們的救世主，就跟著孫恩幹了。

孫恩這人比較複雜，他很明顯是投機者，想借助農民起義上位，但是他這個投機者水平著實不咋滴，動不動就往海上竄，每打下一地就是一番劫掠，從來沒想過如何治理這片土地，流寇一樣的行為註定他成不了大事。雖然說他的行為對東晉的門閥政治產生了一定的衝擊，但是他的根本目的還是透過造反來當最大的門閥。總的來說孫恩就是一個政治水平不高的野心家，說邪教過分了，說義軍領袖也是抬舉他了。

說到劉裕，簡單的說，孫恩造反是劉裕的機會，藉著這場戰爭，劉裕從北府兵裡一個默默無名的小吏成為一方鎮將，算是正式登上東晉政治舞臺。

在與孫恩的鬥爭中，劉牢之毫無疑問是主力，在劉牢之手下的劉裕也英勇好戰，敢打敢拼，贏得舉世威名。結局孫恩屢次失敗，最終投海自殺。跟著他打仗的盧循徐道覆率殘部南逃廣州，在廣州作威作福，當時由於桓楚作亂，東晉朝廷以及後來掌權的桓玄也沒怎麼搭理他，選擇以安撫為上。

後來盧循徐道覆再次起兵作亂時劉裕已經透過滅桓楚的戰爭正式成為東晉朝廷的一把手，不過當時劉裕正在攻打南燕，這才給了盧循徐道覆等人機會。

盧循前期趁北伐軍來不及反應連戰連捷，甚至已經開到南京城下，但是由於盧循的猶豫不絕還是喪失了這個絕佳的機會。劉裕回軍後基本上是以絕對實力碾壓盧循等人，最終逼其自殺。