怎麼說呢，等位基因指的是同一個基因的不同版本，但真要細究起來在定義上其實是很模糊的，因為我們很難說清楚基因到底是什麼。（問基因是什麼，中學生會有一個簡單明瞭的標準答案，而如果換成是面對資格考試的博士生，你很可能會引發很長的一段討論並且得不到清晰的結論）舉幾個例子吧：比如控制豌豆的種皮顏色的基因突變為其他性狀的（例如控制粒型）基因，不行嗎就比如題述的場景，這當然是可能發生的，而我們就會面對這樣一個問題：突變後的基因，到底是一個嶄新的基因，還是原基因的新版本呢？換句話說，我們可以把這個場景解讀為從A1A1突變成了A1O&OB1（O指代空缺），二者不再是等位基因；我們也可以解讀成A1A1突變成了A1A2，並且A1和A2分別調控著不同的性狀。這兩種解讀都能說通，取決於具體的變異形式，不同的人會傾向於不同的解讀（比如說如果只是一個點突變，這倆基因照舊該重組重組該分離分離，那估計傾向於後一種解讀的人會更多；但如果是大片段的插入/刪除/重排，那可能傾向前一種解讀的人不會少）上邊的例子裡提到了空缺，這也是一個挺有意思的問題：如果這個突變乾脆就刪除了整個基因，那怎麼辦？同源染色體上相同的位置，一條有基因片段另一條沒有，這該看成是等位基因呢（A1O）還是直接看成類似XY染色體這樣的染色體差異呢？再比如基因重複（gene duplication），多出來的這一個基因該算是個啥呢？就多在原位還簡單一點，要是跑到基因組其他位置了又算啥呢？這些問題恐怕都不是三言兩語能說清楚的，也不見得能達成廣泛的共識。但話又說回來，越是細琢磨就越會發現這些問題多少有點在玩文字遊戲的意思 ---- 它們描述的都是同一個場景，只是因為人們對基因/等位基因有不同的理解而使用了不同的語言來描述而已，說到底就是一個定義的問題，也就無所謂誰對誰錯了。重要的並不是分清它們到底是新基因還是等位基因，而是讓溝通保持順暢讓對方能明白你的意思就好了。
怎麼說呢，等位基因指的是同一個基因的不同版本，但真要細究起來在定義上其實是很模糊的，因為我們很難說清楚基因到底是什麼。（問基因是什麼，中學生會有一個簡單明瞭的標準答案，而如果換成是面對資格考試的博士生，你很可能會引發很長的一段討論並且得不到清晰的結論）舉幾個例子吧：比如控制豌豆的種皮顏色的基因突變為其他性狀的（例如控制粒型）基因，不行嗎就比如題述的場景，這當然是可能發生的，而我們就會面對這樣一個問題：突變後的基因，到底是一個嶄新的基因，還是原基因的新版本呢？換句話說，我們可以把這個場景解讀為從A1A1突變成了A1O&OB1（O指代空缺），二者不再是等位基因；我們也可以解讀成A1A1突變成了A1A2，並且A1和A2分別調控著不同的性狀。這兩種解讀都能說通，取決於具體的變異形式，不同的人會傾向於不同的解讀（比如說如果只是一個點突變，這倆基因照舊該重組重組該分離分離，那估計傾向於後一種解讀的人會更多；但如果是大片段的插入/刪除/重排，那可能傾向前一種解讀的人不會少）上邊的例子裡提到了空缺，這也是一個挺有意思的問題：如果這個突變乾脆就刪除了整個基因，那怎麼辦？同源染色體上相同的位置，一條有基因片段另一條沒有，這該看成是等位基因呢（A1O）還是直接看成類似XY染色體這樣的染色體差異呢？再比如基因重複（gene duplication），多出來的這一個基因該算是個啥呢？就多在原位還簡單一點，要是跑到基因組其他位置了又算啥呢？這些問題恐怕都不是三言兩語能說清楚的，也不見得能達成廣泛的共識。但話又說回來，越是細琢磨就越會發現這些問題多少有點在玩文字遊戲的意思 ---- 它們描述的都是同一個場景，只是因為人們對基因/等位基因有不同的理解而使用了不同的語言來描述而已，說到底就是一個定義的問題，也就無所謂誰對誰錯了。重要的並不是分清它們到底是新基因還是等位基因，而是讓溝通保持順暢讓對方能明白你的意思就好了。