區別在於：工作原理不同、作用功能不同、型別分類不同。

1、工作原理不同：新風系統的工作原理：根據在密閉的室內一側用專用裝置向室內送新風，再從另一側由專用裝置向室外排出，從而滿足室內新風換氣的需要。全熱交換器工作原理：產品工作時，室內排風和新風分別呈正交叉方式流經換熱器芯體時，由於氣流分隔板兩側氣流存在著溫差和蒸汽分壓差，引起全熱交換過程。

2、作用功能不同：新風系統主要用於室內空氣淨化、通風，用室外的新鮮空氣更新室內由於居住及生活過程而汙染了的空氣，以保持室內空氣的潔淨度達到某一最低標準的水平。全熱交換器能效降低空調系統負荷，有效地解決了提高室內空氣品質與空調節能之間的矛盾，在空調系統節能領域中具有不可替代的作用。

3、型別分類不同：新風系統可分為：單向流新風系統、雙向流新風系統、地送風系統管道新風系統、單體新風系統；全熱交換機可分為：輪轉式全熱交換器、板翅式全熱交換器。擴充套件資料：新風換氣機的選型原則：1、選擇新風換氣機應結合專案的實際情況，根據當地地理、氣候等條件進行綜合分析，評價其經濟技術性，選擇相適應的機型。2、根據換氣量及使用要求確定新風換氣機風量；根據風量、安裝條件選擇安裝方式；根據輸送距離及阻力選擇機組餘壓。3、室內外溫度差大、含溼量差大的地區，宜選用顯熱型新風換氣機；冬季也需要除溼空調系統，宜採用顯熱型新風換氣機。

4、根據衛生和安全等要求新風與排風不可接觸的系統，應採用顯熱型新風換氣機。應根據新風、排風風量大小對熱交換率進行校核，若效率低於相關規定值則不應採用排風熱回收。