①質粒：質粒是細菌染色體外遺傳因子，DNA呈環狀，大小為1-200千鹼基對(kb)。在細胞中以遊離超螺旋狀存在，很容易製備。質粒DNA可透過轉化引入寄主菌。在細胞中有兩種狀態，一是“緊密型”；二是“鬆弛型”。此外還應具有分子量小，易轉化，有一至多個選擇標記的特點。質粒型載體一般只能攜帶10kb以下的DNA片段，適用於構建原核生物基因文庫，cDNA庫和次級克隆。②噬菌體DNA：常用的λ噬菌體的DNA是雙鏈，長約49kb，約含50個基因，其中50%的基因對噬菌體的生長和裂解寄主菌是必需的，分佈在噬菌體DNA兩端。中間是非必需區，進行改造後組建一系列具有不同特點的載體分子。λ載體系統最適用於構建真核生物基因文庫和cDNA庫。M13噬菌體是一種獨特的載體系統，它只能侵襲具有F基因的大腸桿菌，但不裂解寄主菌。M13DNA(RF)在寄主菌內是雙鏈環狀分子，象質粒一樣自主複製，製備方法同質粒。寄主菌可分泌含單鏈DNA的M13噬菌體，又能方便地製備單鏈DNA，用於DNA順序分析、定點突變和核酸雜交。③柯斯(Cos)質粒：是一類帶有噬菌體DNA粘性末端順序的質粒DNA分子。是噬菌體－質粒混合物。此類載體分子容量大，可攜帶45kb的外源DNA片段。也能象一般質粒一樣攜帶小片段DNA，直接轉化寄主菌。這類載體常被用來構建高等生物基因文庫。DNA分子與載體分子連線是克隆過程中的重要環節之一，方法有：①粘性末端連線，DNA片段兩端的互補鹼基順序稱之為粘性末端，用同一種限制性內切酶消化DNA可產生相同的粘性末端。在連線酶的作用下可恢復原樣，有些限制性內切酶雖然識別不同順序，卻能產生相同末端。②平頭末端連線，用物理方法制備的DNA往往是平頭末端，有些酶也可產生平頭末端。平頭DNA片段可在某些DNA連線酶作用下連線起來，但連線效率不如粘性末端高；③同聚寡核苷酸末端連線。④人工接頭分子連線，在平頭DNA片段末端加上一段人工合成的、具有某一限制性內切酶識別位點的寡核苷酸片段，經限制性內切酶作用後就會產生粘性末端。連線反應需注意載體DNA與DNA片段的比率。以λ或Cos質粒為載體時，形成線性多連體DNA分子，載體與DNA片段的比率高些為佳。以質粒為載體時，形成環狀分子，比率常為1∶1。①直接篩選：有些載體帶有可辨認的遺傳標記，能有效地將重組分子與本底區分。例如：有些λ噬菌體攜帶外源基因後形成的噬菌斑就會從原來的混濁變為清亮；還有些載體分子攜帶外源基因後，形成的菌落或噬菌斑的顏色有明顯變化，如藍色變為無色；有些λ噬菌體能侵染甲菌而不能侵染乙菌，攜帶外源DNA片段後便能侵染乙菌，因此乙菌釋放的噬菌體均為重組分子。②間接篩選：有引起載體分子帶有一個或多個抗藥性標記基因，當外源DNA插入到抗藥基因區後，基因失活，抗性消失。如一質粒有A和B兩個抗藥性基因，當外源基因插入到B基因區後，便只抗A藥而不抗B藥。因此能在A藥培養基上正常生長而不能在B藥培養上生長的便是重組分子。③核酸雜交：廣泛用於篩選含有特異DNA順序的克隆。方法是將菌落或噬菌斑“印跡”到硝酸纖維膜等支援物上，變性後固定在原位，然後與標記的核酸探針進行雜交。陽性點的位置就是所需要的克隆。④免疫學方法：如果重組克隆能在宿主菌中表達，就可以用特異的蛋白質抗體為探針，進行原位雜交，選擇特異的克隆。