TV動畫第一部 公元199X年，世界遭到核武戰爭的全面洗禮後，山崩地裂，海水枯竭，人類文明大多毀於一旦。不過，人類並沒有因此而滅亡，少數人仍然倖存了下來，活在這個淪為暴力統治的世界裡。 在烈日照耀下的荒漠中，一名男子拖著疲憊的步伐前進，當他走到一個村莊的時候，由於缺水及疲憊而倒了下去，被村人給關進牢房中。在牢中結識了原為小偷，現在也被關在同一間牢房的男孩――巴託，以及看守的小女孩－琳兒。在村中長老的屋中，村人為了確定他到底是不是暴力組織Z的成員，脫下了他的上衣檢查是否有刺青，但是當長老一見到他胸前呈北斗七星形狀的傷痕時，大吃一驚地認為這是不祥的預兆，而將他繼續關在牢中。沒多久，Z黨來襲擊這個村子，村中的自衛隊被屠殺殆盡，琳兒更是被對方的首領抓為人質，以逼迫村民就範。危急之際，破牢而出的健次郎施展北斗神拳幹掉了Z黨的老大，平安地救出了琳兒，保住了這個村子。之後，健次郎離開了村子，繼續他的旅程，巴託因為崇拜健而跟著他走，長老則安慰流淚送別的琳兒：“北斗出現的地方必有亂事，他是為了琳兒而離開的，因為這裡是琳兒的村子啊。” 旅途中健四郎收拾了暴力組織「King」中的黑桃和方塊，在King的本部南十字星城中，健次郎解決了嗜殺的梅花，更在King的首領――南鬥聖拳的希恩面前用絕招北斗柔破斬痛宰瞭如肥豬一般的紅心。在和希恩的對話中，說明了兩人為何由好友變為仇人，最後希恩在死前說出健次郎的未婚妻――尤莉婭已死的訊息，使得這場因愛而生的決鬥畫下了休止符。 健和巴託停留在一間頗具規模的交換站，巴託偶然看見琳兒被關在由以前特種部隊所組成的“神國”的卡車中，在救出琳兒後，健次郎順道去毀掉“神國”這個組織。善後工作完成後，他們來到了巴託的故鄉，幫助巴託的義母朵洋婆婆挖好水井。就在健次郎離開後，飛車黨頭目傑卡魯來犯，朵洋婆婆為了保護孩子而死，健次郎大怒，誓殺傑卡魯報仇！ 經過一連串的獵殺，被逼到走投無路的傑卡魯決定到雷比尼監獄放出號稱“不死惡魔”的重刑犯來對付健四郎，雖然對方為惡魔的化身，但是仍不敵健次郎的北斗七死星點，和傑卡魯一同到陰間報到。 為了使朵洋婆婆所收養的孩子有人收留，健次郎受某村落之託消滅來犯的“牙一族”，為此認識了南斗六聖星之一的“南鬥水鳥拳”繼承人雷伊，以及酷似尤莉婭的瑪米婭。由於瑪米婭的弟弟被牙一族所殺，為了瑪米婭的淚水，兩人聯手消滅了牙一族的先鋒部隊。牙一族的首領牙大王為了報復，利用雷伊失散的妹妹艾麗作人質，逼使健次郎和雷伊相鬥，不過兩人以聖極輪秘技詐死來瞞過牙一族的首領，成功地救出了人質。 由艾麗的口中得知，有人以“胸前有七個傷痕的男人”為名，四處殘害無辜的民眾，破壞北斗神拳的名聲，健次郎為了善盡北斗神拳繼承人的職責，啟程討伐他那心術不正的三師兄――賈基。 從賈基的口中得知，當初希恩之所以會自他身邊奪走尤莉婭，完全是受到他的煽動蠱惑，健次郎頓時怒不可遏，將他的肉體從地球上抹殺了。賈基在臨死之際，告知健次郎他有兩個師兄還活著，健次郎震驚，心想：“我一定要去見他們，特別是託奇，我非見到他不可。” 在一間酒館中聽到有關“託奇突然變成殺人鬼”的傳聞，健次郎抱著疑問前往求證，在親眼目睹託奇的人體實驗後，健次郎悲憤地決定打倒託奇，但是面對自己一向敬愛的二哥，健次郎卻下不了殺手，反而被點中穴道而動彈不得。危急之際，雷伊趕來揭穿了此“託奇”的真面目，原來他是南斗門下一派的阿米巴，受到世紀末霸主“拳王”的命令，假冒託奇之名研究人體身上的經脈穴道，面對這個破壞二哥及北斗神拳名譽的阿米巴，健次郎不客氣地送他到地獄去懺悔，不過對於託奇的下落更是耿耿於懷。 經過瑪米婭的探訪，查出託奇被關在卡桑德拉監獄，於是健次郎和雷伊、瑪米婭一同往卡山�嶽�監獄出發。打敗了守衛大門的二神風雷拳傳人――風牙、雷牙兄弟並令他們心悅誠服，健次郎對上了兇殘的典獄長威格爾，一番戰鬥之後，典獄長被送進了一旁新挖的墓穴。此時拳王親衛隊出現欲將託奇移至別處，風牙與雷牙為守住通往託奇牢房的通道，撐住落下的巨石時被親衛隊暗算不幸犧牲，健次郎誓為他們復仇。拳王親衛隊眼看已來不及帶走託奇，決定殺掉他，但是他們根本不瞭解託奇，反而死在託奇的手下。兄弟相會，簡短的問候取代了千言萬語，卻在此時，騎著巨馬的拳王身影出現在琳兒他們所在的村子附近。 先趕回的雷伊在村外遇見負傷出來求援的巴託，回到了村中，又看見被打傷的琳兒，憤怒之火使得他當場令一些拳王的部下變成碎塊，但是面對拳王壓倒性的神力，雷伊就算是用盡全力也無法傷他，反被點中“新血愁”穴道，使其生命僅剩下三天。健次郎趕到，欲和自稱拳王的北斗長兄拉奧決鬥，不過卻被託奇阻止；託奇點了健四郎的穴道，要健次郎仔細看著他和拉奧的戰鬥，以從中領悟「柔拳」的精髓，因為「剛拳」對「剛拳」的戰鬥往往會導致玉石俱焚。託奇雖捨命一戰，但久病的身體卻支援不住，眼看託奇就要死在拉奧的手裡，瑪米婭打算箭射拉奧，雷伊阻止道：“北斗神拳二指真空把的絕技會使箭射回自己！”瑪米婭無奈道：“可是隻剩我能出手了！”毅然扣下十字弓的板機。拉奧不顧雷伊的求情，接箭後射回瑪米婭，此時健次郎終於奮力衝破被託奇所點的穴道，擋住了這一箭，和拉奧展開了一場血淋淋的肉搏戰。 激戰過後，雙方都被對方的拳術給制住了，託奇分開了兩人，說道：“你們自己應該很清楚自己已經不能再打鬥了。”拉奧的部下早已逃得一個不剩，只能孤獨地騎著座騎“黑王”離去。 雷伊為了瑪米婭的安全，決定打倒南斗六聖拳中，使用紅鶴拳的“妖星”――尤達。為了擊敗尤達，雷伊請求託奇幫他延長生命，被道奇點中「心靈臺」穴道的雷伊，因劇烈的痛苦而使得頭髮全部轉白，不過他終於再現華麗的水鳥拳，令妖星消逝。之後雷伊與眾人道別，將自己關在一間小屋中，靜待「義星」隕落。 拉奧因之前的激戰而靜養，此時以「聖帝」為名，南斗六聖拳中的“極星”――薩奧沙逐漸顯露其野心，捕捉大量的孩童為奴僕，修建“聖帝十字陵”。健次郎在途中遇見了一個使用南鬥白鷺拳的盲人拳法家，南斗的“仁星”――修武，健次郎頓時想起修武是為救他一命才自毀隻眼，為了報恩他決定助修武一臂之力，沒想到初戰聖帝便因為聖帝的身體之謎而戰敗被俘，修武之子希巴為救健四郎而犧牲，健次郎淚誓討回這筆血債，可惜傷重不支地昏倒在荒野中，此時拉奧突然出現，將健次郎帶回託奇所在的村子。 甦醒後的健次郎無言安慰修武，但修武叫健次郎不必內疚，並說這也是仁星的宿命，自己以這個孩子為傲。 聖帝的先遣部隊終於發現了修武的基地，修武以健次郎重傷未愈，在飲食中下藥，要琳兒和巴託帶著健次郎由下水道離開，而自己則親戰聖帝，但在聖帝以眾多人質的性命要脅下，修武戰敗。此時昏迷中的健次郎突然聽見了修武靈魂的呼喊，起身向修武他們所在之處前進。 面對眾多聖帝部下的阻撓，拉奧和託奇突然出現，替健次郎開出一條通路。 在十字陵前，薩奧沙命修武揹負十字陵的最後一塊石頭，登上十字陵的頂端。健次郎趕到陵頂時，薩奧沙一槍射死了修武，悲憤交集的健次郎在十字陵再戰薩奧沙，由於解開了聖帝的身體之謎，因此面對凌厲的南鬥鳳凰拳，健次郎亦使出北斗神拳的絕招應戰。擊敗聖帝之後，十字陵也跟著崩潰，拉奧在臨走前言道：“下次見面就是決戰之時。”託奇決定和拉奧生死一戰，在只親的墓前，親兄弟各展所長，剛拳和柔拳互不相讓，由於託奇已病入膏肓，面對拉奧的剛拳漸感力不從心，危急之際，託奇突然使出剛拳，將拉奧打得口吐鮮血，但拉奧知其是自點致命的「剎活孔」穴道才得到如此的力量，因此揮淚打倒託奇，不過兄弟之情使拉奧並沒有殺了託奇，拉奧說道：“對拳王造成威脅的託奇已經死了，如今只有和病魔奮戰的託奇。”兄弟死鬥到此畫下了句點。 拳界中的孤高之星――“天狼星”出現，他就是使用泰山天狼拳的拳士，同時也是尤莉婭的親哥哥龍牙，為了拳王的霸業而四處殺戮，甚至連託奇的村子也難逃毒手。為救託奇而前往龍牙城堡的健次郎，因龍牙詐稱託奇已死在其手而發怒，就在健次郎要給予他致命一擊的時候，託奇突然出現，告知健次郎龍牙之所以如此做的真正目的，乃是為了使健次郎的拳法能夠完全地發揮，而且龍牙在瘋狂殺戮之前，就已經自我了斷了。在勉勵健次郎打倒拉奧後，託奇便抱著龍牙的身軀離開了人世。 南斗六星已隕落了五顆，僅剩下南鬥最後的將星，而護衛將星的“南鬥五車星”們也在此時紛紛展開了行動。五車星中的“風”――希爾最先死於拉奧之手，其兄「炎」――修靈雖自焚欲和拉奧同歸於盡，可惜仍失敗。「山」――福多前往迎接健次郎，在知悉「炎」的死訊之後，命部下去找「雲」――舒殺來阻擋拳王的進攻，同時亦告知健次郎南鬥最後之將就是“慈母之星”――尤莉婭，當初希恩之所以願意揹負殺害尤莉婭的罪名，完全是為了不使尤莉婭落入拉奧的手裡。 雲之舒殺終於出動，使計奪走了拉奧的坐騎－黑王，阻止了拉奧軍隊的進擊，但是在後來的決鬥中，修無常雖以絕招重傷拉奧，卻仍死於拉奧之手。 拉奧和健次郎同時抵達將星所在的城堡，拉奧直奔塔頂，而健次郎則被帶到地下的一間房間等候由塔頂下來的尤莉婭。拉奧在塔頂遇上了五車星中的“海”――裡白，雖然裡白布下許多機關，但對拉奧完全起不了作用，就在裡白要被拉奧殺死的時候，健次郎趕到，和拉奧展開了決戰。 拉奧施展自創的驚人絕招，欲取健次郎的性命，緊要之際，健次郎突然使出北斗神拳的最高境界――“無想轉生”重挫拉奧，拉奧心知不敵，閉目待死，誰知誤觸機關，整個人隨著樓頂掉落下去，竟掉到尤莉婭所在的房間，拉奧便趁此機會帶走尤莉婭，健次郎隨即決定追擊拉奧。 拉奧為克服內心的恐懼，前往福多所在的村子向其挑戰，福多不敵被殺，但拉奧心中對於“悲傷”的恐懼仍未消失。為領會“無想轉生”的奧義，拉奧決定殺掉尤莉婭。 拉奧在“北斗練氣鬥座”約戰健次郎，琳兒和巴託被健次郎帶去見證這一場決鬥，而拉奧亦將尤莉婭帶至決鬥的地點，在將尤莉婭託給琳兒和巴託代為照顧之後，拉奧和健次郎這一場宿命的對決便開始了。這兩個拳法均達最高境界的高手相鬥，宛如赤子之爭，經過一番驚天地泣鬼神的激戰之後，健次郎的拳頭擊碎了拉奧的霸業，拉奧說明尤莉婭雖然罹患絕症，但之前自己將一部分鬥氣輸入了尤莉婭體內還可以讓她再活幾年，要健次郎好好地陪伴她渡過剩下的日子；他只是點了尤莉婭的穴道，來減輕病情。語畢，拉奧便揮拳自盡，這一場壯烈的決戰，也總算打上了休止符。 將拉奧葬在託奇的墓旁之後，健次郎便和尤莉婭騎著黑王馬離開，而琳兒和巴託雖然不捨，但是也只能流淚目送他們，伴隨著荒野的風，漸行漸遠……

北斗神拳的劇情約略可分為兩部分。動畫“北斗神拳”為第一部，而動畫“北斗神拳2”則是以第二部的天帝編及修羅之國編為基準。

西元199X年，世界受到核子武器的洗禮，人類的文明大都毀於一旦。不過，人類並沒有因此而滅亡，少數人仍然殘存了下來，活在這個淪為暴力統治的世界裡。

TV動畫第二部

十多年之後，又出現了亂世，又有人在興風作浪，時代在召喚救世主。玲兒和巴託都已長大，健次郎在有一次打敗惡人巴斯古，救下一個女人後與玲兒和巴託重逢了。

總督沙高是個不折不扣的壞人，他把天帝露兒控制在手中，以此要挾元鬥皇拳的將軍們為他做壞事，元鬥皇拳的最強者法魯哥被迫攔住了拳四郎的去路，並與健次郎決戰。拳看到法魯哥斷了右腿，安裝的是假肢，便自封右腿與法魯哥公平作戰，兩人勢均力敵，拳感覺到法魯哥不是個壞人，在沙高認為兩人已經兩敗俱傷、放箭殺他們的時候，拳替法魯哥擋了一箭。

巴託等人找到了被囚禁的天帝露兒，發現她竟然和玲兒是親姐妹，原來天帝只能有一個，在她們出生時玲兒就該被法魯哥殺死，但法魯哥不忍心，就將玲兒送到別人家了。天帝被救，法魯哥和健次郎自然停止了戰鬥，但法魯哥受傷很重，儘管如此，他還是輕而易舉的將沙高這個敗類解決了。在眾人想喘口氣時，有人發現玲兒不見了，原來玲兒被以前沙高的保鏢帶走，渡過世界上最後的一片海，去了修羅國。

修羅國是個非常恐怖的國家，那裡是健次郎等所有人使用的拳法的發源地，修羅國的人崇尚武藝，只有強者才能在那個國家生存，而且採取閉關鎖國的政策，對入侵者格殺勿論。沙高的保鏢就是想讓健次郎和法魯哥到修羅國去，被那裡的人殺死。

法魯哥先行一步渡海了，健次郎也去了。在路上，健次郎認識了一個海盜船的船長赤鯱，並聽他說了數年前他的所有手下被一個修羅國十幾歲的少年殺死的事。

修羅國實在太強大了，健次郎剛到修羅國沒多久，就看到了被人打倒的法魯哥，他是被一個無名嘍嘍打倒的。健次郎向那個嘍嘍指出，如果不是法魯哥跟健次郎的那一戰受的重傷未愈，他是不會被打敗的。正當拳準備收拾那個嘍嘍的時候，法魯哥出手了，為了維護元鬥皇拳的尊嚴，法魯哥將那個嘍嘍殺死，但自己還是倒下了。

玲兒被帶到了一個武道場，準備給比武的勝者做新娘，拳四郎一路前進，殺了不少小人物。一個叫鯱

的年輕人帶走了玲兒，他想利用健次郎來打敗修羅國的統治者。

原來統治修羅國的是三個羅將——第三羅將漢、第二羅將豹、第一羅將加奧，他們使用的是北斗琉拳。鯱將玲兒帶到了漢的宮殿，拳也隨後趕到。漢的拳法是疾風，沒人能看清漢出拳的動作，這次他也遇到了勁敵健次郎，經過苦戰，拳終於打敗了漢，漢在臨死前指出健次郎是不可能戰勝豹的。

北斗琉拳的師傅十慶聽說健次郎來到了修羅國，便回憶了一段往事：“為了建立修羅國的秩序，他將禁用的北斗琉拳傳給了三個人，後來他們都迷失了本性，成為羅將統治這個國家。”而且十慶指出，北斗神拳與北斗琉拳是同宗拳法，都源自最強的北斗宗家之拳。而北斗琉拳是入了魔道的拳法，是可以讓天神畏懼的拳。

豹天性善良，為了讓他學好北斗琉拳，十慶將他的記憶封印了，原來豹是健次郎的親哥哥。如今要想終結北斗琉拳，就必須解開豹的記憶封印。十慶前去做這件事，無奈已經年老，而且豹在幼年就被加奧做了手腳，記憶被加奧封住了。豹憎恨十慶背叛北斗琉拳，將師傅殺死。

健次郎來到了加奧的城堡，拉歐和道奇的大哥——加奧已經成為魔神了，把健次郎打得毫無還手之力，拳的無相轉生也被加奧輕易破掉。後來赤鯱和鯱父子救了昏迷的拳，鯱帶著拳遇到了加奧，快被殺死的時候，昏迷的拳背後突然出現了北斗宗家的象徵——鬥神珂拉的影子，加奧的鬥氣完全被這個影子蓋過，鯱才得以救走拳。

加奧殺死自己的親妹妹、也是豹的未婚妻——沙也加，嫁禍給健次郎，豹中計，發誓要報仇。健次郎甦醒，與豹決戰。豹的北斗琉拳雖然不足以打敗拳，但豹體內的北斗宗家血脈卻驚醒了，背後也出現了鬥神珂拉的影子。北斗宗家的力量是無窮無盡的，豹與拳兩個傳人決戰下去會同歸於盡，這正是加奧的陰謀。為了避免這個情況，鯱偷襲了豹，從背後打穿了豹的身體，鯱準備自盡向健次郎謝罪，卻被豹攔住了。原來豹已經恢復了記憶，想起了拳是自己一直在等待的弟弟，也知道了加奧是殺死沙也加的人。豹和鯱的本性都非常善良，鯱那一擊不是致命一擊，豹沒有死。

豹讓健次郎到北斗宗家的廟裡去，那裡有北斗宗家奧義。加奧卻搶先一步到了，為了保護玲兒和自己心愛的人，鯱捨命與加奧相拼，北斗宗家的亡靈附體在鯱身上，將加奧趕走，但鯱還是死了。

在一座神像面前，健次郎領悟了最強的北斗宗家奧義，看到了北斗神拳的創始人修傑坎坷悽苦的一生以及他的偉大遺言——北斗神拳的繼承人必須解釋愛，這是繼承人的使命。

健次郎與加奧最終要決戰了，加奧回憶了一段往事：自己的母親為了保護北斗宗家繼承人健次郎和豹而被火燒死。所以加奧恨透了北斗宗家，他要絕情絕義。健次郎則告訴他，他們是同宗的：“北斗神拳的創始人修傑和北斗琉拳的創始人龍王是表兄弟，他們的母親在生下他們之後，族裡的長老決定選龍王作為北斗的繼承人，而修傑要被處死。龍王的母親跳崖自盡，以死要求兩個孩子都要活下去，長老感動，沒有殺龍王，將修傑定為繼承人。後來，修傑創了北斗神拳，龍王創了北斗琉拳，由於缺少母愛，北斗琉拳就容易成為魔拳，使人入魔道。”最終，健次郎打敗了加奧。而身受重傷的豹拼死救下了玲兒，倒在加奧懷中（他早已將加奧當作大哥）。加奧也覺得對不起豹，他抱著豹，跳入了岩漿。

健次郎騎上黑王，踏上了新的無止境的旅程…… （全劇終）

北斗的繼承者編

健次郎預祝帕德、琳兒兩人的幸福後，便和他們分開了。接著去找寄養在友人處的拉歐之子--遼（リュウ），打算將他培養成北斗神拳的繼承者，一同展開旅程。共同經歷荒地開墾、三兄弟鬩牆、巴南事件後，健次郎認為他沒有東西能再教遼之後便獨自離去，遼最後跟著原拉歐軍的將領柏盧嘉（バルガ）等人一同生活，並立志超越父親拉歐。

終章

迴歸獨自一人旅行的健次郎，在旅途中失去了記憶。另一方面，原以為能夠過著幸福快樂的日子的帕德和琳兒，帕德卻認為琳兒是因為凱歐點她的“死環白”穴開眼後第一個看到他才會喜歡上他，認為這份愛不夠真實便去除了琳兒的記憶，試圖讓琳兒回覆最原始的記憶喜歡回健次郎。途中遇到了失去記憶的健次郎，帕德故意丟下兩人獨自離去。

這時之前健次郎的手下敗將普勒紀（ボルゲ）要找健次郎復仇，帕德不想讓失去記憶的健次郎受到影響而把自己裝成健次郎，不敵普勒紀遭到虐待。後來健次郎與琳兒抵達現場，尚未完全恢復記憶的健次郎眼看就要死在普勒紀手下，帕德發出真情吶喊健次郎的名字使健次郎恢復記憶，打敗普勒紀最後由帕德擊殺。後來琳兒看見帕德溫柔的眼神也跟著恢復記憶，但帕德傷勢過重，說出希望健次郎和琳兒以後能過的幸福之言後，雙眼慢慢的閉上了...。

原打算跟健次郎一起旅行的琳兒，最後認知自己應該愛的是誰，決定守帕德一輩子的墓後與健次郎告別。就要將帕德的遺體運至墓地時，才發現帕德未死，健次郎點了帕德的穴救活了他。最後的健次郎獨自離開，向荒野中走去...（漫畫故事在此完結）