2011年9月14日， 財政部、科技部日前發出《關於調整國家科技計劃和公益性行業科研專項經費管理辦法若干規定的通知》，就調整課題經費開支範圍，強化預算編制和評估評審要求，加強資金撥付和結存結餘經費的管理等問題作出新的規定。

調整課題經費開支範圍方面，建立課題間接成本補償機制，將課題經費分為直接費用和間接費用。間接費用使用分段超額累退比例法計算並實行總額控制，按照不超過課題經費中直接費用扣除 裝置購置費後的一定比例核定，具體比例如下：500萬元及以下部分不超過20%；超過500萬元至1000萬元的部分不超過13%；超過1000萬元的部分不超過10%。間接費用中績效支出不超過直接費用扣除裝置購置費後的5%。

強化預算編制和評估評審要求方面，課題申請單位應科學、合理、真實地編制課題經費預算。課題直接費用各項支出不得簡單按比例編列。課題經費預算評估評審中，不得簡單化地按比例核減課題直接費用預算。建立健全課題經費預算評估評審的溝通反饋機制。

《 通知》提出，財政部正式批覆部門預算前可以從1月1日起按“二上”預算數的1/4支付課題預算經費。課題結餘經費應當按原渠道收回科技部或相關主管部門，由科技部或相關主管部門按照財政部關於財政撥款結轉和 結餘資金管理的有關規定執行。

同時，對非涉密課題預算安排情況進行公示，接受社會監督；逐步探索建立課題績效情況公示制度；積極推進對違規使用科研經費的行為進行公開。

縱向科研經費實行預算管理，執行國家相關經費管理辦法，嚴格按照專案主管部門批覆的預算範圍和開支比例規範使用科研經費。

橫向科研經費實行合同管理，必須按照專案合同書中約定的經費使用用途、範圍和開支標準，執行國家和學校相關辦法，合理、規範使用科研經費。科研經費預算經批准後一般不作調整。支出預算中的勞務費、專家諮詢費和管理費預算不予調整，其他支出科目在不超過該科目核定預算10%或超過10%但調整金額不超過5萬元的，經科研財務管理科稽核確認，可以根據專案研究需要調整執行。

確因專案研究目標、重大技術或主要研究內容調整而必須對專案經費預算進行調整，超過上述控制範圍的，由專案負責人提出調整意見，經科研財務管理科稽核後，按程式報主管部門批准。