一、基建專案管理經費間接費用管理現狀
相關管理經費管理辦法中間接費用比例
以上經費除民口科技重大專項，績效支出不超過直接直接費用扣除裝置購置費和基本建設費後的5%，其他科研經費的績效支出均為不超過直接費用扣除裝置購置費的5%。
高校在國家相關規定的基礎上，結合自身情況制定了間接費用管理辦法，下面列舉幾所有具體規定的高校間接費用的分配方案：
由以上可以看出，各高校對間接費用一般都包括了管理費用補償、資產佔用、水電費消耗、績效支出等內容，基本貫徹了檔案規定，但由於間接費用補償機制實施時間不長，一般都是以比例提取的形式規定支出內容，能否真正達到科學合理的成本補償，有待實踐考核。
二、基建專案管理經費間接費用管理存在問題及對策
（一）間接費用預算管理
間接費用一般採用分段超額累退比例法，一般規定比例上限，有的課題在編制預算時，不按照上限填列，甚至有些課題承擔單位不填列間接費用。
《教育部財政部關於加強中央部門所屬高校科研經費管理的意見》規定：“相關科研經費管理辦法規定科研專案經費分為直接費用和間接費用的，直接費用的各項支出由專案申請人根據科研特點和實際需要編制；間接費用按照歸口管理部門和基建專案相關規定，由基建專案統一編制。”高校作為課題承擔單位的，科研管理、財務部門由高校授權，在各課題編制預算時，按照規定比例上限內據實編制間接費用預算，打消課題負責人對預算編制比例的顧慮，同時明確間接費用由高校統籌的概念。高校作為參與單位的，根據各自承擔的研究任務和經費額度分解間接費用時，與課題承擔單位在核定的間接費用總額基礎上，向課題承擔單位積極爭取間接費用足額到位，為爭取最大的經濟補償。
（二）間接費用核算管理
目前間接費用基本有兩種提取方式：一種是經費入賬時由基建專案管理直接提取，一種是在專項中列支。規定“按照有關科研專案費用管理辦法規定提取間接費用的，要合理確定專案間接費用標準，以直接提取方式將間接費用納入財務統一管理，並結合實際制定間接費用分配及使用方法。”這已明確高校需制定科研間接費用管理檔案，採用直接提取方式納入財務統一管理。
（三）績效支出的管理
間接費用中，在對科研工作進行績效考核的基礎上，結合科研人員實績，設立了績效支出，由所在單位根據國家有關規定統籌安排。這一政策，改變了以往科研專案科研人員不能領取報酬的做法，體現科研人員投入科研專案工作的智力勞動的價值，彰顯了“以結果為導向”和“注重績效”的改革思路。高校的績效支出，應遵循公開、公平、公正的原則，在對科研、人事、財務部門建立科研績效考核的評價體系後由高校根據國家有關規定合理統籌安排。
一、基建專案管理經費間接費用管理現狀
相關管理經費管理辦法中間接費用比例
以上經費除民口科技重大專項，績效支出不超過直接直接費用扣除裝置購置費和基本建設費後的5%，其他科研經費的績效支出均為不超過直接費用扣除裝置購置費的5%。
高校在國家相關規定的基礎上，結合自身情況制定了間接費用管理辦法，下面列舉幾所有具體規定的高校間接費用的分配方案：
由以上可以看出，各高校對間接費用一般都包括了管理費用補償、資產佔用、水電費消耗、績效支出等內容，基本貫徹了檔案規定，但由於間接費用補償機制實施時間不長，一般都是以比例提取的形式規定支出內容，能否真正達到科學合理的成本補償，有待實踐考核。
二、基建專案管理經費間接費用管理存在問題及對策
（一）間接費用預算管理
間接費用一般採用分段超額累退比例法，一般規定比例上限，有的課題在編制預算時，不按照上限填列，甚至有些課題承擔單位不填列間接費用。
《教育部財政部關於加強中央部門所屬高校科研經費管理的意見》規定：“相關科研經費管理辦法規定科研專案經費分為直接費用和間接費用的，直接費用的各項支出由專案申請人根據科研特點和實際需要編制；間接費用按照歸口管理部門和基建專案相關規定，由基建專案統一編制。”高校作為課題承擔單位的，科研管理、財務部門由高校授權，在各課題編制預算時，按照規定比例上限內據實編制間接費用預算，打消課題負責人對預算編制比例的顧慮，同時明確間接費用由高校統籌的概念。高校作為參與單位的，根據各自承擔的研究任務和經費額度分解間接費用時，與課題承擔單位在核定的間接費用總額基礎上，向課題承擔單位積極爭取間接費用足額到位，為爭取最大的經濟補償。
（二）間接費用核算管理
目前間接費用基本有兩種提取方式：一種是經費入賬時由基建專案管理直接提取，一種是在專項中列支。規定“按照有關科研專案費用管理辦法規定提取間接費用的，要合理確定專案間接費用標準，以直接提取方式將間接費用納入財務統一管理，並結合實際制定間接費用分配及使用方法。”這已明確高校需制定科研間接費用管理檔案，採用直接提取方式納入財務統一管理。
（三）績效支出的管理
間接費用中，在對科研工作進行績效考核的基礎上，結合科研人員實績，設立了績效支出，由所在單位根據國家有關規定統籌安排。這一政策，改變了以往科研專案科研人員不能領取報酬的做法，體現科研人員投入科研專案工作的智力勞動的價值，彰顯了“以結果為導向”和“注重績效”的改革思路。高校的績效支出，應遵循公開、公平、公正的原則，在對科研、人事、財務部門建立科研績效考核的評價體系後由高校根據國家有關規定合理統籌安排。