漲潮時退潮時淺灘洞穴中沒有神獸漆黑的Wraith5.0中神獸捕捉地點急凍鳥:113號道路寒冰小徑右上角,需要怪力術。閃電鳥:流星瀑布最深處,綠寶石原版拿技能機器02“龍爪”的地方。火焰鳥:冠軍之路2層的右上角。超夢:二週目,石之洞窟推石進入的洞裡,與NPC對話選否獲得破壞基因,之後去120號道路沉寂之窟。夢幻:對戰開拓區獲得全部7個金象徽後與亞希達對話獲得古老的海圖,之後坐船去世界邊緣。雷公:新紫堇入口右拐。炎帝:112號道路熱焰小徑左上角,需要怪力術。水君:彩幽市瀑布洞。洛奇亞:抓完關東三聖鳥後,去116道路的瀑布上的右邊洞穴。鳳王:抓完城都三神獸後,去116道路的瀑布上的左邊洞穴。雪拉比:二週目,橙華森林湖中心的森林。雷吉洛克:啟用海底遺蹟後111號道路沙漠最南端的沙漠遺蹟。雷吉艾斯:啟用海底遺蹟後105號水路西北方的小島橫穴。雷吉斯奇魯:啟用海底遺蹟後120號道路的古代墳墓。蓋歐卡:同原版,二週目,詢問天氣研究所2樓的博士。固拉多:同原版,二週目,詢問天氣研究所2樓的博士。裂空座:同原版,裂空座平息古拉頓、海皇牙戰鬥的劇情結束後,天空之柱頂樓。拉迪亞斯、拉帝歐斯:二週目開始跟媽媽對話,選擇的那個全地圖隨機遇;在水靜市燈塔附近的水手處得到船票,之後坐船去南方小島可捕捉沒選的那個。基拉祈:對戰開拓區獲得全部7個銀象徽後與亞希達對話獲得許願星,之後去綠嶺市,調查一塊白色岩石。代歐奇希斯:擊敗坂木、交還4塊隕石後,去綠嶺市宇航中心2樓的博士處得到船票,之後坐船去誕生島。席多藍恩:在5.0版中被刪除。雷吉奇卡斯:抓完雷吉洛克,雷吉艾斯,雷吉斯奇魯後的海底遺蹟。帝牙盧卡:三週目,寢龍鎮源初之山頂部的靜止之刻。帕路奇犽:三週目,寢龍鎮源初之山頂部的斷空瀑布。騎拉帝納:三週目,抓到超夢後到送神火山塔內頂樓,調查白色墓碑到達反轉世界,戰勝惡系道館並捕捉蓋諾塞克特後在反轉世界盡頭遇到。克雷色利亞:三週目,夢源鎮右下角房子睡覺。達克萊伊:三週目,月魘鎮左上角房子睡覺。瑪娜菲:三週目光輝之海某處潛水,到深海之殿。潔咪:捕獲基拉帝納後的輪迴鎮一青年處獲得冥界之花,再與綠蔭鎮右下角一女子對話獲得感恩之花,最後去二週目繽紛之路的北面的花之海。阿爾宙斯:捕獲迪亞魯卡,帕魯奇亞和基拉帝納,Wraith摩天樓全部地區通過後擊敗艾沃利獲得天界之笛,去源初之山頂部創世神殿(身上不得帶大師球)。比克提尼:三週目,紅蓮之窟最深處。雷西拉姆:三週目,去沉默地下街調查神秘文字後,幻龍之塔左邊的現實之間。捷克羅姆:三週目,去沉默地下街調查神秘文字後,幻龍之塔右邊的理想之間。酋雷姆:5.0版被刪除。焰白酋雷姆:三週目,抓完烈希拉姆和捷克羅姆並與阿庫羅馬交談後,永凍之窟深處的調和之間。暗黑酋雷姆:三週目,抓完烈希拉姆和捷克羅姆並與阿庫羅馬交談後,淺灘洞穴深處的調和之間。凱路迪歐:三週目諒解之路右邊的清澈溪流頂部。蓋諾塞克特:反轉世界斷罪之間,需打敗火箭隊前研究員。
漲潮時退潮時淺灘洞穴中沒有神獸漆黑的Wraith5.0中神獸捕捉地點急凍鳥:113號道路寒冰小徑右上角,需要怪力術。閃電鳥:流星瀑布最深處,綠寶石原版拿技能機器02“龍爪”的地方。火焰鳥:冠軍之路2層的右上角。超夢:二週目,石之洞窟推石進入的洞裡,與NPC對話選否獲得破壞基因,之後去120號道路沉寂之窟。夢幻:對戰開拓區獲得全部7個金象徽後與亞希達對話獲得古老的海圖,之後坐船去世界邊緣。雷公:新紫堇入口右拐。炎帝:112號道路熱焰小徑左上角,需要怪力術。水君:彩幽市瀑布洞。洛奇亞:抓完關東三聖鳥後,去116道路的瀑布上的右邊洞穴。鳳王:抓完城都三神獸後,去116道路的瀑布上的左邊洞穴。雪拉比:二週目,橙華森林湖中心的森林。雷吉洛克:啟用海底遺蹟後111號道路沙漠最南端的沙漠遺蹟。雷吉艾斯:啟用海底遺蹟後105號水路西北方的小島橫穴。雷吉斯奇魯:啟用海底遺蹟後120號道路的古代墳墓。蓋歐卡:同原版,二週目,詢問天氣研究所2樓的博士。固拉多:同原版,二週目,詢問天氣研究所2樓的博士。裂空座:同原版,裂空座平息古拉頓、海皇牙戰鬥的劇情結束後,天空之柱頂樓。拉迪亞斯、拉帝歐斯:二週目開始跟媽媽對話,選擇的那個全地圖隨機遇;在水靜市燈塔附近的水手處得到船票,之後坐船去南方小島可捕捉沒選的那個。基拉祈:對戰開拓區獲得全部7個銀象徽後與亞希達對話獲得許願星,之後去綠嶺市,調查一塊白色岩石。代歐奇希斯:擊敗坂木、交還4塊隕石後,去綠嶺市宇航中心2樓的博士處得到船票,之後坐船去誕生島。席多藍恩:在5.0版中被刪除。雷吉奇卡斯:抓完雷吉洛克,雷吉艾斯,雷吉斯奇魯後的海底遺蹟。帝牙盧卡:三週目,寢龍鎮源初之山頂部的靜止之刻。帕路奇犽:三週目,寢龍鎮源初之山頂部的斷空瀑布。騎拉帝納:三週目,抓到超夢後到送神火山塔內頂樓,調查白色墓碑到達反轉世界,戰勝惡系道館並捕捉蓋諾塞克特後在反轉世界盡頭遇到。克雷色利亞:三週目,夢源鎮右下角房子睡覺。達克萊伊:三週目,月魘鎮左上角房子睡覺。瑪娜菲:三週目光輝之海某處潛水,到深海之殿。潔咪:捕獲基拉帝納後的輪迴鎮一青年處獲得冥界之花,再與綠蔭鎮右下角一女子對話獲得感恩之花,最後去二週目繽紛之路的北面的花之海。阿爾宙斯:捕獲迪亞魯卡,帕魯奇亞和基拉帝納,Wraith摩天樓全部地區通過後擊敗艾沃利獲得天界之笛,去源初之山頂部創世神殿(身上不得帶大師球)。比克提尼:三週目,紅蓮之窟最深處。雷西拉姆:三週目,去沉默地下街調查神秘文字後,幻龍之塔左邊的現實之間。捷克羅姆:三週目,去沉默地下街調查神秘文字後,幻龍之塔右邊的理想之間。酋雷姆:5.0版被刪除。焰白酋雷姆:三週目,抓完烈希拉姆和捷克羅姆並與阿庫羅馬交談後,永凍之窟深處的調和之間。暗黑酋雷姆:三週目,抓完烈希拉姆和捷克羅姆並與阿庫羅馬交談後,淺灘洞穴深處的調和之間。凱路迪歐:三週目諒解之路右邊的清澈溪流頂部。蓋諾塞克特:反轉世界斷罪之間,需打敗火箭隊前研究員。