納稅人將已經填開的增值稅專用發票丟失，應主要依據《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發〔2006〕156號）第二十八條和第二十九條的規定處理。
納稅人丟失增值稅專用發票各聯次，具體處理分為已認證和未認證兩種情形。
1、發票開出未認證情形處理：
（1）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
（2）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯影印件留存備查。
（3）專用發票抵扣聯無法認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證。專用發票發票聯影印件留存備查
（4）納稅人丟失記賬聯的，如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯影印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發票發票聯影印件，與從金稅卡中重新列印一次的記賬聯，作為記賬憑證。到主管稅務機關認證作為記賬憑證。
（5）納稅人丟失專用發票全部聯次處理：納稅人在認證前丟失增值稅專用發票全部聯次，按丟失空白專用發票處理。
2、發票開出已認證情形處理：
（1）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
（2）一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯影印件留存備查。
（3）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯影印件留存備查。
（4）一般納稅人丟失記賬聯的處理：如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯影印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發票發票聯影印件，與從金稅卡中重新列印一次的記賬聯，作為記賬憑證。 到主管稅務機關認證作為記賬憑證。
（5）丟失全聯次處理：納稅人已認證，但丟失發票的，必須按規定程式向當地主管稅務機關報告。並登報宣告作廢。稅務機關對丟失發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。納稅人從金稅卡中重新列印一次，經主管稅務機關稽核同意，作為記賬憑證。
納稅人將已經填開的增值稅專用發票丟失，應主要依據《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發〔2006〕156號）第二十八條和第二十九條的規定處理。
納稅人丟失增值稅專用發票各聯次，具體處理分為已認證和未認證兩種情形。
1、發票開出未認證情形處理：
（1）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
（2）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯影印件留存備查。
（3）專用發票抵扣聯無法認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證。專用發票發票聯影印件留存備查
（4）納稅人丟失記賬聯的，如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯影印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發票發票聯影印件，與從金稅卡中重新列印一次的記賬聯，作為記賬憑證。到主管稅務機關認證作為記賬憑證。
（5）納稅人丟失專用發票全部聯次處理：納稅人在認證前丟失增值稅專用發票全部聯次，按丟失空白專用發票處理。
2、發票開出已認證情形處理：
（1）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
（2）一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯影印件留存備查。
（3）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯影印件留存備查。
（4）一般納稅人丟失記賬聯的處理：如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯影印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發票發票聯影印件，與從金稅卡中重新列印一次的記賬聯，作為記賬憑證。 到主管稅務機關認證作為記賬憑證。
（5）丟失全聯次處理：納稅人已認證，但丟失發票的，必須按規定程式向當地主管稅務機關報告。並登報宣告作廢。稅務機關對丟失發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。納稅人從金稅卡中重新列印一次，經主管稅務機關稽核同意，作為記賬憑證。