種蛋入孵前進行消毒可以預防多種疫病的發生，可提高雛雞的成活率。常用的有以下幾種： 1、新潔爾滅浸泡消毒法： 新潔爾滅價格便宜，使用方便，消毒效果好。新潔爾滅原液濃度為5%，使用時加50倍的水即配成1：1000的水溶液，水的溫度要求在35-45℃，將種蛋浸泡3分鐘或者直接噴灑到種蛋的表面。使用此法消毒種蛋時切不可混入肥皂、碘、高錳酸鉀、昇汞和鹼等，否則藥液失效。 2、高錳酸鉀溶液浸泡法：將種蛋浸泡在0.5%的高錳酸鉀溶液中1-3分鐘，撈出晾乾後裝盤入孵。也可用0.2%的高錳酸鉀溶液，水溫在40℃，浸泡種蛋1分鐘，洗去蛋殼上的雜質，晾乾，裝盤後即可入孵。 3、碘溶液浸泡消毒法： 入孵前將種蛋放入0.1%的碘溶液進行浸泡消毒。 配製方法：2千克清水中加入20克碘片或30克碘化鉀，全部溶解後再加入18千克清水。水溫保持40℃，浸泡時間1分鐘，撈出晾乾後裝盤入孵。 應該注意的是用浸泡法消毒的種蛋消毒後必須儘快入孵，一般放置時間不超過24小時。 4、漂白粉消毒法：稱取漂白粉1.5千克，溶於100千克清水中，攪拌均勻，把種蛋放於溶液中3分鐘即可。消毒液最好現配現用。 5、紫外線消毒法：用40瓦紫外線燈管距離種蛋40釐米左右，正反面各照15-20分鐘，即可達到消毒的目的。 6、過氧乙酸消毒法：用有效濃度1%的過氧乙酸，按每立方米30毫升的量，燻蒸30分鐘。或者用0.01%-0.04%的過氧乙酸浸泡種蛋3-5分鐘，取出瀝乾後入孵。 7、呋喃西林溶液消毒法： 將呋喃西林碾成粉末，配製成0．02%濃度的水溶液，特種蛋放人溶液內浸泡3分鐘，洗淨取出晾乾即可入孵。 8、福爾馬林燻蒸消毒法：這種方法效果較好，操作簡單，安全可靠。特別是對病毒和支原體消毒效果更好。目前種蛋和孵化機多采用這種消毒方法。對清潔度較差或外購的種蛋，每立方米用42毫升福爾馬林加21克高錳酸鉀，在溫度25-27℃、相對溫度60%-75%的條件下，密閉燻蒸20-30分鐘，可殺死蛋殼上95%-98.5%的病原體。在入孵器內進行第二次消毒，每立方米用28毫升福爾馬林加14克高錳酸鉀，密閉燻蒸20-30分鐘，燻蒸結束後開啟通氣孔，開動風機，排除孵化器中的福爾馬林煙霧，然後再正式升溫孵化。 燻蒸消毒時注意的問題：種蛋在孵化器裡消毒時應避開24-96小時的胚蛋；福爾馬林與高錳酸鉀化學反應很劇烈又具有很大的腐蝕性，所以要用搪瓷盤，不能用金屬容器；種蛋從種蛋庫取出，在蛋殼上會凝有水珠，一定要讓水珠蒸發後再消毒，否則對胚胎不利；福爾馬林溶液揮發性很強，要隨用隨取。如發現福爾馬林與高錳酸鉀混合後只冒泡產生小煙霧，說明福爾馬林已經失效。