1944年 組織成立，開始了準備持續半個世紀的計劃。

1954年烏丸蓮耶黃昏之館中發生了一起血案，其中就有偵探千代的父親。

1964年阿笠博士偶然遇到宮野厚司；宮野厚司離開朋友，加入了白鳩製藥團隊，這個公司於五年後倒閉，宮野夫婦建立了自己的醫院。

1974年貝爾摩德殺害了調查組織的FBI成員朱蒂父母；板倉卓由不知名的遊戲製作人轉入CG行業；愛蓮娜同波本見面，告別波本稱自己要去一個很遠的地方，波本時年9歲。

1976年宮野夫婦帶著明美加入了烏丸集團；生下第二個女兒宮野志保，即灰原哀。

1977年有希子和優作結婚，生下工藤新一，有希子宣佈退出影視界，時年21歲；本堂瑛佑，世良真純出生；宮野夫婦實驗室火災，二人喪命，死前愛蓮娜交給明美一盒錄音帶；毛利蘭出生；羽田浩司去美國參加比賽房間內被殺；資本家阿曼達被殺。保鏢“淺香”失蹤；Rum的“工作”失手，此事件迫使赤井秀一加入FBI。

1984年伊森本堂潛入組織，伊森夫人去世；秀一、秀吉、世良與領媽和新一小蘭相遇，當時的秀一還未加入FBI；本堂英佑因白血病接受骨髓移植治療，血型由O型變為AB型；宮野志保被組織送出日本，時年8歲；莎朗息影，貝爾摩德以克里斯的身份出現在大眾面前。

1989年秀一潛入組織，獲得黑麥威士忌代號；同年，水無憐奈潛入組織；安室透潛入組織；蘇格蘭威士忌諸伏景光潛入組織；宮野志保回國，加入組織研究。

1990年水無憐奈任務中出現紕漏，伊森本堂為保女兒自殺；諸伏景光身份暴露，為了保護安室透和自己的家人，自殺。

1991年龍舌蘭委託板倉卓開發軟體，這個軟體似乎會對世界帶來不可逆轉的影響；世良真純隨家人前赴英國；工藤夫婦移居美國。

1992年赤井秀一暴露；

1993年工藤新一紐約事件（赤井秀一在美國作為FBI公開追捕貝爾摩德）宮野志保由GIN和Vodka陪同去了人魚島調查資料；

1994 （《名偵探柯南》的"當代"）APTX最終試用品研製成功；工藤新一等一系列人被服藥，其他人都死了，工藤新一縮小變身柯南；“領妹”攜女兒世良回國；貝爾摩德出於某些原因回到日本；FBI搜查官來到日本。

作為一部偵探型別的推理漫畫，《名偵探柯南》之中的時間線設定似乎並不符合推理劇情所需要的邏輯，尤其是還存在主線劇情這樣的大背景。所以，很多新接觸的小夥伴們對於柯南的時間線簡直非常迷茫，一會兒聽官方表示柯南只過了半年，一會又看到劇中又是1999年又是2017年的，這到底應該如何理解呢？這裡就要先清楚一下《名偵探柯南》的作品脈絡了。雖然名稱都一樣，但是細分起來的話，有漫畫版、漫改TV、原創TV和劇場版四種，其中漫畫版和漫改TV之中的劇情、時間線以及內容都是相同的，但原創TV則並不承接，劇場版更是獨立創作自由發揮。簡單表示一下是這樣子（圖1）。

所以，整部《名偵探柯南》是可以看成以青山剛昌漫畫主線為基準的作品，附加了一大堆同人作品。換句話說，在柯南的時間線中，所有動畫原創TV、劇場版全部都是可以看成自由發揮，只有青山剛昌的動漫作品中的時間線才對主線有影響。這樣一來的話，灰原哀出現的時機是在1996年的夏天，也就是新一變成柯南之後大概1個多月的時間，很容易理解吧？著名的《紅色修學旅行》則是發生在1996年的秋季，著名的新蘭之吻也並沒有等待很久，基本就是新一變成柯南之後大概3個月左右的時間。至於其他不涉及主線的案件，則一律都可以忽略。所以現在大家都不糾結時間線了吧？未來只要涉及到主線劇情的，都是發生在1996年下半年的事情，將他們自動歸位就可以了。不涉及主線劇情的時間，則是獨立於主線存在的，對主線沒有絲毫影響，全都是官方“同人作”！對了，最後還要說一句，整個主線其實也可以看做是一個案件，獨立於其他所有作品的案件。而主線所涉及到的人物，也與其他非主線劇情涉及到的人物毫無關係。比如某個突然出現的警察、某個突然暴走的嫌疑人。

畢竟，如果把這將近一千集將好幾千名角色都放進一個相關的案件中，是不可能的。你們就沒想過為什麼柯南在偵破與主線無關的案件時，都不是黑衣組織在幕後操縱嗎？因為那些全都是同人而已啊