1、解析度不一樣，因為任何電磁波在經過一個和他波長差不多的物體都會衍射，影響成像質量，電子顯微鏡波長比可見光短，也就解析度更高。

2、光學顯微鏡用可見光照明，電子顯微鏡以電子束為成像源，二者主要的區別在於：1）成像源不同；2）透鏡不同；3）成像原理不同；4）標本製備方法不同。

3、由於電子束的波長遠遠小於可見光的波長，所以即使電子束的錐角僅為光學顯微鏡的1%，電子顯微鏡的分辨本領仍遠遠優於光學顯微鏡。

4、電子顯微鏡發射源是電子束或離子束，普通光學顯微鏡使用的是光源發射出來的光或鐳射。

　　普通光學顯微鏡使用的是特殊玻璃制的透鏡，利用光學原理改變光的行進;而電子顯微鏡使用的是磁透鏡，利用磁場改變電子束。

　　普通光學顯微鏡的最大倍數一般在1000～2000倍，解析度一般在0.1um~0.25um左右;而電子顯微鏡的解析度一般都在0.01nm~0.4nm左右。

　　普通光學顯微鏡可在一般大氣壓下使用;而電子顯微鏡一般都需在樣品室處於真空時使用。

　　普通光學顯微鏡受到光學的限制僅能用於觀測鑑定被測物體;而掃描電子顯微鏡可配合其他儀器，如能譜、波譜等儀器使儀器等等講起應用到很多領域。

　　工具顯微鏡上所述，發射源不同;透鏡不同;放大倍數和解析度不同;使用環境不同;應用的領域不同。