這個遊戲帶有一絲科幻色彩，但是遊戲中也提到他們的的確確是核武器的，並且造出了許多的防空洞，由此證明他們是準備核爆炸的，所以這是真正的核爆

核彈結局非常的意識流，有很多不合理的地方，但依然可以依稀摸索到育碧的思路。前期支線任務中有位中央來的CIA探員找你殺一個叛變特工，說他帶著絕密情報躲在這裡，而反派聖父又給他提供庇護，只要你幹掉他就答應幫你剷除邪教，而你完成任務後他接了個得知自己升官的電話就拍拍屁股走了；再其次就是散落各地的末日預備者秘密基地，看結構就知道這些避難所是用來躲避核爆的，而且一些有避難所的人還是逃離了這裡，有避難所有槍，怕什麼邪教?幹嘛要跑?；再其次是你解放一個區域後，車載電臺會播放一些國際時事新聞，大意就是近期國際局勢緊髒balabala的。所以可能真的是戰爭即將爆發了，那位叛變特工把這個訊息傳遞給了聖父，然後聖父再組織邪教進行各種準備，還記得約翰佔領的那個核彈發射井嗎，裡面各種設施一應俱全，物資也極其充沛，不出意外其目的就是準備帶著信徒躲避核戰的。還有這麼大事才叫幾個小JC，有大量檔案、錄音以及遍地地堡、廣播新聞說明世界局勢很緊張，通關後存檔會在BOSS戰之前且場景會變成一片廢土。育碧實在很不負責任，沒有好好解釋這種結局，搞得眾說紛紜。且都有一定理由。