不同的黏性末端原則上無法直接連線，但可將它們轉化為平頭末端後再進行連線，所產生的重組分子往往會增加或減少幾個鹼基對，並且破壞了原來的酶切位點，使重組的外源DNA片段無法回收；若連線位點位於基因編碼區內，則會破壞閱讀框架，使之不能正確表達。
不同黏性末端的連線有四種類型：①待連線的兩種DNA分子都具有5′突出末端。在連線反應之前，兩種DNA片段或用Klenow酶補平，或用S1核酸酶切平，然後進行連線。前者產生的重組分子多出4對鹼基，而後者產生的重組分子則少去4對鹼基。一般情況下大多使用Klenow酶補平的方法，因為S1核酸酶量如果掌握不好，容易造成雙鏈DNA的降解反應；
②待連線的兩種DNA分子都具有3′突出末端。Klenow酶對這種結構沒有活性，可以用Tsubscript4subscript：DNA聚合酶將這兩種DNA的3′突出末端切除，形成平頭末端後再連線，所產生的重組分子同樣少了4對鹼基；
③一種DNA分子具有3′突出末端，另一種DNA分子攜帶5′突出末端。這種情況要求兩種DNA分子在連線前，分別進行相應的處理，若5′突出末端用Klenow酶補平，而3′突出末端用Tsubscript4subscript：DNA聚合酶修平，則連線產生的重組DNA分子並沒有改變鹼基對的數目；
④兩種DNA分子均含有不同的兩個黏性末端。通常先用Klenow酶補平一種DNA分子的5′突出末端，再用Tsubscript4subscript：DNA聚合酶切平3′突出的另一末端，而且兩種DNA分子可以混合一同處理。
在有些情況下，含有不同5′突出黏性末端的兩種DNA分子經Klenow酶補平連線後，形成的重組分子可恢復一個或兩個原來的限制性內切酶識別序列，甚至還可能產生新的酶切位點，如emphasis：role=italicXbaemphasisI與emphasis：role=italicHindemphasisⅢ的黏性末端（emphasis：role=italicXbaemphasisI切點恢復）、emphasis：role=italicXbaemphasisI與emphasis：role=italicEcoemphasisRI（兩者切點均保留）以及emphasis：role=italicBamemphasisHI與emphasis：role=italicBglemphasisⅡ（產生emphasis：role=italicClaemphasisI位點）。
不同的黏性末端原則上無法直接連線，但可將它們轉化為平頭末端後再進行連線，所產生的重組分子往往會增加或減少幾個鹼基對，並且破壞了原來的酶切位點，使重組的外源DNA片段無法回收；若連線位點位於基因編碼區內，則會破壞閱讀框架，使之不能正確表達。
不同黏性末端的連線有四種類型：①待連線的兩種DNA分子都具有5′突出末端。在連線反應之前，兩種DNA片段或用Klenow酶補平，或用S1核酸酶切平，然後進行連線。前者產生的重組分子多出4對鹼基，而後者產生的重組分子則少去4對鹼基。一般情況下大多使用Klenow酶補平的方法，因為S1核酸酶量如果掌握不好，容易造成雙鏈DNA的降解反應；
②待連線的兩種DNA分子都具有3′突出末端。Klenow酶對這種結構沒有活性，可以用Tsubscript4subscript：DNA聚合酶將這兩種DNA的3′突出末端切除，形成平頭末端後再連線，所產生的重組分子同樣少了4對鹼基；
③一種DNA分子具有3′突出末端，另一種DNA分子攜帶5′突出末端。這種情況要求兩種DNA分子在連線前，分別進行相應的處理，若5′突出末端用Klenow酶補平，而3′突出末端用Tsubscript4subscript：DNA聚合酶修平，則連線產生的重組DNA分子並沒有改變鹼基對的數目；
④兩種DNA分子均含有不同的兩個黏性末端。通常先用Klenow酶補平一種DNA分子的5′突出末端，再用Tsubscript4subscript：DNA聚合酶切平3′突出的另一末端，而且兩種DNA分子可以混合一同處理。
在有些情況下，含有不同5′突出黏性末端的兩種DNA分子經Klenow酶補平連線後，形成的重組分子可恢復一個或兩個原來的限制性內切酶識別序列，甚至還可能產生新的酶切位點，如emphasis：role=italicXbaemphasisI與emphasis：role=italicHindemphasisⅢ的黏性末端（emphasis：role=italicXbaemphasisI切點恢復）、emphasis：role=italicXbaemphasisI與emphasis：role=italicEcoemphasisRI（兩者切點均保留）以及emphasis：role=italicBamemphasisHI與emphasis：role=italicBglemphasisⅡ（產生emphasis：role=italicClaemphasisI位點）。