（1）M指令碼檔名不必與函式名相同；（2）M函式檔案呼叫時需要提供函式引數，而M指令碼檔案只需要提供檔名；（3）M指令碼檔案建立的每個變數都會儲存到Matlab工作區，而M函式檔案只有輸出結果才儲存到Matlab工作區中；（4）檔案格式上的一些區別。

MATLAB中有一種檔案叫M檔案，他就是一系列程式碼組成的一個副檔名為.m的檔案，雖然M檔案是簡單的ASCII型的文字檔案，但是和其語法和高階語言一樣，是一種程式化的程式語言。

M檔案可分為指令碼檔案（MATLAB scripts）和函式檔案（MATLAB functions）。指令碼檔案是包含多條MATLAB命令的檔案；函式檔案可以包含輸入變數，並把結果傳送給輸出變數，兩者的簡要區別如下： 指令碼檔案

1.多條命令的綜合體

2.沒有輸入、輸出變數

3.使用MATLAB基本工作空間

4.沒有函式宣告行 函式檔案 1.常用於擴充MATLAB函式庫 2.可以包含輸入、輸出變數 3.運算中生成的所有變數都存放在函式工作空間 4.包含函式宣告行 指令碼檔案可以理解為簡單的M檔案，指令碼檔案中的變數都是全域性變數。函式檔案是在指令碼檔案的基礎之上多添加了一行函式定義行，其程式碼組織結構和呼叫方式與對應的指令碼檔案截然不同。函式檔案是以函式宣告行“function...”作為開始的，其實質就是使用者往MATLAB函式庫裡邊添加了子函式，函式檔案中的變數都是區域性變數，除非使用了特別宣告。函式執行完畢之後，其定義的變數將從工作區間中清除。而指令碼檔案只是將一系列相關的程式碼結合封裝，沒有輸入引數和輸出引數，即不自帶引數，也不一定要返回結果。而多數函式檔案一般都有輸入和輸出變數，並見有返回結果。