納稅人開具增值稅專用發票後，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止等情形但不符合發票作廢條件，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓，需要開具紅字增值稅專用發票的，按以下方法處理： (一)購買方取得增值稅專用發票已用於申報抵扣的，購買方可在新系統中填開並上傳《開具紅字增值稅專用發票資訊表》(以下簡稱《資訊表》)，在填開《資訊表》時不填寫相對應的藍字增值稅專用發票資訊，應暫依《資訊表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字增值稅專用發票後，與《資訊表》一併作為記賬憑證。 購買方取得增值稅專用發票未用於申報抵扣、但發票聯或抵扣聯無法退回的，購買方填開《資訊表》時應填寫相對應的藍字增值稅專用發票資訊。 銷售方開具增值稅專用發票尚未交付購買方，以及購買方未用於申報抵扣並將發票聯及抵扣聯退回的，銷售方可在新系統中填開並上傳《資訊表》。銷售方填開《資訊表》時應填寫相對應的藍字增值稅專用發票資訊。 (二)主管稅務機關透過網路接收納稅人上傳的《資訊表》，系統自動校驗通過後，生成帶有“紅字發票資訊表編號”的《資訊表》，並將資訊同步至納稅人端系統中。 (三)銷售方憑稅務機關係統校驗透過的《資訊表》開具紅字增值稅專用發票，在新系統中以銷項負數開具。紅字增值稅專用發票應與《資訊表》一一對應。 (四)納稅人也可憑《資訊表》電子資訊或紙質資料到稅務機關對《資訊表》內容進行系統校驗。

如果對方已認證併入帳和抵扣，發票聯和抵扣聯不能退回，由購貨人到主管國稅機關開具《進貨退出或索取折扣折讓證明單》，你企業根據購貨方提供的證明單，按原錯票開具一份負數發票，然後在開具一份正確的發票給對方（負票和正確的發票的抵扣聯和發票聯一起給對方）。

如果對方沒有入帳，發票聯和抵扣聯可以退回，收到對方退回的發票聯和抵扣聯後，將紙製發票全聯作廢加蓋作廢章，同時在開票系統內將該票作廢，然後重新開具一份正確的發票給對方。有一點需要注意如果對方已認證，對方必須到主管稅務機關做取消認證處理後，再退回該發票的發票聯和抵扣聯，否則不允許作廢此發票。