國家宗教事務局設8個內設機構（副司局級）：

（一）辦公室。

（二）政策法規司。

起草宗教事務工作的法律法規草案、部門規章並承擔督促檢查工作；研究綜合性政策問題，擬訂具體政策措施； 組織推動宗教政策、法律法規的宣傳教育和貫徹實施。

（三）業務一司。

承辦佛教、道教事務管理工作，調查研究並提出政策建議；指導佛教、道教團體依法依章開展工作；聯絡佛教、道教界人士；指導地方政府宗教事務部門依法對佛教、道教事務進行管理。

（四）業務二司。

承辦天主教、基督教事務管理工作，調查研究並提出政策建議；指導天主教、基督教團體依法依章開展工作；聯絡天主教、基督教界人士；指導地方政府宗教事務部門依法對天主教、基督教事務進行管理。

（五）業務三司。

承辦伊斯蘭教事務管理工作，調查研究並提出政策建議；指導伊斯蘭教團體依法依章開展工作；聯絡伊斯蘭教界人士；指導地方政府宗教事務部門依法對伊斯蘭教事務進行管理；承擔伊斯蘭教朝覲事務等有關管理工作。

（六）業務四司。

承辦其他宗教的宗教事務管理工作，調查研究並提出政策建議；承辦設立宗教院校相關事務和具體指導工作；配合有關部門做好防範和處理邪教工作。

（七）外事司（港澳臺辦公室）。

承擔宗教外事管理和有關稽核審批工作，指導地方和宗教團體對外以及對港澳臺的宗教交往工作。

（八）人事司。

負責機關和直屬單位的人事工作；承擔宗教工作隊伍和有關人員培訓規劃的擬訂和組織工作；負責機關離退休幹部工作。

機關黨委 負責機關和在京直屬單位的黨群工作。

國家宗教事務局機關行政編制為98名（含離退休幹部工作人員編制3名）。其中：局長1名、副局長3名，正副司長職數25名（含機關黨委專職副書記1名）。

招考方式：國家公務員考試，分為筆試和麵試兩個部分。筆試的考試科目為《行政能力測驗》和《申論》，具體內容可以參考歷年的考試大綱。