微生物是農業生態系統構成的一個重要因素，對於農作物來說，當有害微生物入侵作物體內，或為害作物生存環境時，就會導致作物發生病害，從而生長髮育不良；而當有益微生物繁衍，足以抗衡有害微生物對作物的為害時，就可能不表現發病症狀。

（一）所有的侵染性病害都是由微生物入侵植物體內產生的不良後果的表現症狀。而非侵染性病害是由不良的非生物因素影響所致的病害，如缺素症、冷害、日灼、藥害、肥害等。

可侵染作物的生物病原主要有菌物（菌物真菌、假菌卵菌門菌物、原生動物界根腫菌門菌物）、原核生物（細菌、古細菌）、病毒、線蟲等。其中70-80%植物病害是由菌物所導致的。

比如，黃瓜霜黴病、葡萄霜黴病都屬於假菌界卵菌門菌物導致的病害，而蘋果黑星病、白粉病、炭疽病等都屬於菌物真菌導致的病害。

在侵染性病害發生時，輕則影響植株生長髮育，重者減產甚至絕收。所以要保障農作物穩產、高產，就絕對不能忽視對病原生物的防治。

（二）有益微生物在農業生產中的應用：

生物防治是農業生產中防治病蟲草害的四種防治措施之一（農業防治、物理防治、生物防治和化學藥劑防治），屬於一種無公害防治技術。在防治病蟲害、確保農產品質量的同時，又有利保護生態環境，利於病蟲草害的可持續控制，適應了人類發展綠色無公害食品的需求。但是生物防治病蟲草害，不僅僅包括微生物，還包括天敵、植物源農藥等其它生物防治措施。這裡僅介紹幾種防治病蟲草害的微生物農藥：

（1）蘇雲金桿菌（Bt製劑）：細菌性殺蟲劑，可用於防治多種作物鱗翅目害蟲如棉鈴蟲、小菜蛾等。

（2）淡紫擬青黴：真菌性殺蟲劑，可用於防治植物病原線蟲。

（3）球孢白僵菌：真菌性殺蟲劑，可用於蠐螬等地下害蟲、天牛、葉蟬、美國白蛾等。

（4）核型多角體病毒：有甘藍夜蛾專用、甜菜夜蛾專用、斜紋夜蛾專用、苜蓿銀紋夜蛾專用等多種型別，針對性強的病毒性殺蟲劑。

（5）木黴菌：真菌，可用於防治作物灰黴病、立枯病、根腐病等多種土傳病害，與有害微生物有拮抗、重寄生等多種作用。目前種類有哈茨木黴、長枝木黴、綠色木黴等多種。

（6）寡雄腐黴菌：真菌性殺菌劑，對有害微生物有寄生、拮抗、競爭、誘導防衛等多種作用，可用於防治種腐和猝倒病、番茄晚疫病等，可降低土傳病害給作物造成的損失，減少對化學藥劑的使用，降低環境汙染。

（7）熒光假單孢菌：細菌性殺菌劑，可用於防治番茄青枯病等細菌性病害。

（8）枯草芽孢桿菌：細菌性殺菌劑，可用於防治草莓灰黴病丶黃瓜白粉病等真菌性病害。

使用微生物農藥有利於作物建立起一個生態平衡的環境系統，從而降低有害生物對作物的影響。增加作物抗逆能力，並減少依賴化學藥劑防治病蟲草害對環境的汙染，從而利於人體的健康和安全。