研究生可以被這兩所大學錄取，就業不會有太大問題。比較兩所含金量更高？取決題主報考專業，研究生階段是專才教育是對某個方向深入研究（前提上醫學實力差不多）。

從對比中得出答案：

國內醫學類排名

整體上來看，北京大學醫學部與北京協和醫學院不相上下（只是醫學類並不是綜合實力）都是國內頂尖大學、世界高水平院校。北京協和醫學院排名靠前一點

醫學類中比較熱門的為臨床醫學、口腔醫學、麻醉學

以上只是個別專業對比，北京協和醫學院整體上實力上是優於北京大學醫學部的而且近幾年醫學類排名是第一。不知題主什麼專業，從整體上來看個人推薦北京協和醫學院。

這兩個學院都差不多，研究生學習，主要參考專業，不是本科學習，通學基礎，跨專業考研！醫學實踐性學科，現在診療的智慧化應用，我認為預防醫學和基礎性醫學，更需要紮實的探索！

北京協和醫學院和北京大學醫學部（原北京醫科大學）兩者水平相當，在國內醫學院校排名都是數一數二的高校。北京協和醫學院在2006年同清華大學在衛生部與教育部的牽頭下合作辦學，而並非像北醫併入北大。北京協和醫學院八年制醫學本科生委託清華大學招生並且醫預階段2年半在清華大學學習。從八年制本科招生來看，協和的分數線略高於北大醫學部。但從研究生培養來說，二者的含金量差別不大，無論考取哪一所院校都意味著會有一個較好的工作前景。

北京協和醫學院的附屬醫院包括協和醫院、整形醫院、阜外醫院、腫瘤醫院、天津血液病研究所，南京面板病研究所等，除了協和醫院是國內最好的綜合醫院外，其他都是各專業方面頂尖醫院。北大醫學部同樣擁有國內頂尖的幾所醫院，例如北醫三院的骨科專業，六院的精神專業等。這都為研究生的學習深造帶來了豐富的資源。

看你是臨床還是基礎科研的，臨床的北大醫學部更好，北京市的大醫院基本上都被北大和首醫瓜分了，協和的地位比較尷尬。醫藥領域近親繁殖現象太嚴重，經常會出現協和八年出來了之後，發現自己的同事全是首醫和北大的，別人師出同門一個派系，自己一個人很難受。

基礎科研就無所謂了，沒啥區別，重要的是導師和實驗室條件，不過協和基礎我記得給的補助標準是最高的，讀研期間差不多一年3萬，博士5萬，這還不算導師發的那些。不過各個所的條件都不一樣，自己把握吧。