電算化會計系統與手工會計系統不同，它是由會計資料體系，計算機硬體和軟體以及系統工作和維護人員組成，所以電算化會計的審計內容與手工會計系統也存在著較大的差別，電算化會計審計的內容主要包括以下內容：

（一）對會計電算化系統的內部控制的審計

一方面是企業的內部控制能在多大程度上確保會計電算化系統中會計記錄的正確性和可靠性，如輸入、輸出的授權控制，業務處理的稽核等；另一方面是內部控制的有效執行能在多大程度上保護資產的完整性透過以上兩方面的評價，可以判斷企業內部控制系統能在何種程度上防止或發現會計報表中的錯誤及經營過程的舞弊。

（二）對會計電算化系統程式的審計

會計電算化系統的核心就是會計軟體會計軟體程式質量的高低，直接決定了會計電算化系統整體水平的高低，在這部分裡主要審計會計軟體程式對資料進行處理和控制的及時性、正確性和可靠性，以及程式的糾錯能力和容錯能力。會計軟體程式的審計可採用透過計算機審計的方法及利用計算機輔助審計中的資料轉換功能的方法來完成。

（三）對會計電算化系統的處理物件即會計資料的審計

會計資料處理的真實性、正確性、可靠性，直接影響到會計資訊的真實性、正確性和可靠性，所以這一部分的審計是至關重要的，審計人員可採用抽查原始憑證與機內憑證相對比，抽查列印日記賬和機內日記賬相核對等方法，同時也可採用利用計算機輔助審計軟體的功能來完成審計，從而降低審計風險。

電算化會計條件下的審計程式

按照《審計法》的規定，一般審計程式可分為四個階段:

即準備階段、實施階段、審計結論和執行階段、異議和複審階段。電算化會計審計結合自身的特殊要求，運用本身特有的方法也可以分為這四個階。