最大的不同是人種：爪哇人屬於猿人，不是人類的直系祖先，只是人類進化的一個分支，早已滅絕，他們的特點是保留了較多的類人猿的特徵，腦量少，智利低下，只能製造和使用簡單的舊石器，不懂得打磨，沒有形成原生的宗教文化。 山頂洞人，屬於新人（智人）是華人的直系祖先，其生理特徵和現代人差別很小，具有原始的黃種人特徵，腦量和智利接近現代人的水平，生產力水平較高，進入了新石器時代，能加工磨製石器和骨器，裝飾物和原始宗教出現，會人工取火。

馬來人種

馬來人種，又稱南島-蒙古利亞人種或海洋蒙古人種，最初是由德國科學約翰·弗里德里希·布盧門巴赫提出的人種概念，認為是棕色人種一個分支。事實上是馬來人種是由爪哇白色人種與安達曼人種融合的結果。主要分佈於馬來群島、波利尼西亞、密克羅尼西亞、臺灣、南九州、復活節島、馬拉加西。現在人類學已放棄此概念，把它劃入蒙古人種中。在19世紀末和20世紀初馬來人種常用來形容南島民族。

馬來人自何處來，歷史學界尚無定論。但主要有二種說法，起源於馬來群島的爪哇島或來自緬甸、雲南。

1.馬來群島起源說

馬來群島起源說的支援有J.Crawfurd, K.Himly, Sutan Takdir Alisjahbana和Gorys Keraf等。

以下是馬來群島起源說的論據

馬來人和爪哇人在19世紀都有很高的文化。能達到這種成就只有不斷髮展的本土古老文化才能達到。以此說名馬來人並非來自任何地方。而是土生土長。

K.Himly 不同意馬來語與高棉語相似。認為二語相似只是表面印象，沒有足夠理據。透過比較語言學判定馬來語屬於南島語系的馬來-玻里尼西亞語族，而高棉語屬於南亞語系孟-高棉語族。除了部分詞彙發音表面相似但意義卻不同之外，兩者截然不同。

爪哇島發現的梭羅猿人（馬來文：Homo Soloinensis）和維傑人（馬來文：Homo Wajakensis）化石表明馬來人是馬來群島起源，可能馬來人就是來自爪哇島。

馬來群島各族的語言與中亞屬於印歐語系的語言有異。

馬來群島起源論在世界範疇得到了多數人的支援。

2.緬甸、雲南起源說

緬滇起源說主要的支持者有R.H Geldern, J.H.C Kern, J.R Foster, J.R Logen, Slametmuljana 和Asmah Haji Omar等。

緬滇起源說的依據如下：

在馬來群島發現的古老斧頭，與中亞的某些地區類似，說明有中亞居民移民馬來群島。（但移民只是一部分，不能代表所有）

馬來族的風俗與Assam地區類似（Assam是印度與緬甸之間的地區）。（事實上馬來文化受南亞文化、印度文化的影響是中古時期的事，但同時馬來文化也影響著緬甸、孟-高棉的文化）

馬來語與高棉語相似（實際上這種說法是沒有根據的，比較語言學判定兩者屬於兩種不同的語系），而高棉人又被認為來自於緬甸、雲南、孟加拉等地，雲南的一部分移民沿著湄公河南下到高棉。

緬滇起源說並沒有被廣大人群所接受，馬來西亞的中學歷史課本中都介紹馬來人起源於本土和移民的融合。依此學說，馬來人的祖先分為本土系和移民系，而緬滇起源說只能證明移民的那部分。二批移民在不同年代從緬甸、雲南等地遷移到馬來群島。這二批移民的祖先分別稱為緬甸人及雲南人，統稱為混血馬來人（馬來文：Melayu Deutro），而本土的爪哇馬來人被稱為

3.原始馬來人（馬來文：Melayu Proto〕。

原始馬來人及混血馬來人又合稱南島人（馬來文:Indonesian），二者的文化為新石器時代的文化。南島人其實是最後移入馬來群島的人群。之前遷入的有澳洲種人（英文：Australoid），尼利多人（英文：Negrito）和美拉尼西亞人（英文：Melanesoid）。

以下對二類馬來人做出介紹：

原始馬來人

根據出土文物，公元前2500年原始馬來人就居住在馬來群島。他們有農耕技術。

混血馬來人

公元前1500年就存在於馬來群島，他們多生活在海邊，漁業發達。

4.馬來西亞人與馬來人

馬來人並非馬來西亞人的簡稱，而是馬來西亞的一個主要民族。

馬來西亞人簡稱為大馬人，（Malaysian，馬來西亞簡稱為大馬)指的是擁有馬來西亞國籍的人士，主要有三大族群，分別為馬來人、華人，印度人，以及其它一些少數族群。各族群都保留了自己的文化以及風俗習慣。同時也尊重其他種族的文化以及風俗習慣。

5.五分法

19世紀時，有多位自然科學家在種族的問題上發表了自己的觀點，Blumenbach的五分法則是19世紀時比較常見的：

高加索人種，即白色人種，主要分佈在歐洲、西亞等地

蒙古人種，即黃色人種，主要分佈在東亞

衣索比亞人種，即黑色人種，主要分佈在非洲、大洋洲等地

美洲人種，即紅色人種，主要分佈在美洲

馬來人種，即棕白人種，主要分佈在東南亞與北亞阿爾泰民族（注意：和20世紀的棕色人種不同）

在Blumenbach之後的幾十年裡，研究人員漸漸將美洲、馬來兩個人種歸併於南島-蒙古利亞人種，結果進入20世紀初剩下三個主要的人種：

尼格羅人種，即黑色人種

高加索人種，即白色人種

南島-蒙古利亞人種，即黃棕人種

20世紀最常見的分法是由美華人類學家Carleton S. Coon提出的：

剛果人種，即黑色人種

高加索人種，即白色人種

蒙古人種，即黃色人種

澳洲人種，即棕色人種

波利尼西亞人：

為居住在太平洋東部波利尼西亞群島地區的土著民族集團。包括紐西蘭的毛利人、塔希提人、夏威夷人、東加人、薩摩亞人等十餘個支系。其種族背景較複雜，一般認為，屬蒙古人種和澳洲人種的混合型別。有的學者認為其是介乎於蒙古、赤道和歐羅巴三大人種之間的第四大人種。語言背景則為南島語系波利尼西亞語族。

事實上，波利尼西亞人與其西面兩大群島的土著居民也有很多不同之處，而與其東面美洲大陸的印第安人卻有很多相似之處。例如，在體形上，密克羅尼西亞和美拉尼西亞人都身材矮小，而波利尼西亞人則相對要魁偉些，這與印第安人更為相近。在血型上，波利尼西亞人和美洲印第安人都缺少B型和AB型血型。另外，人們還發現，波利尼西亞人的神話傳說和傳統習慣中，也有若干與印第安人相似之處。因此，有一些人類學家認為，波利尼西亞人的祖先是從東面的美洲遷來的。

泰華人和印尼、馬來西亞、菲律賓一樣是馬來人種

波利尼西亞的語言表明,他們跟居住在亞洲、澳洲之間的馬來群島上塌鼻樑、矮個子的人有較遠的血緣關係。那些人...根據種族學家的意見,從身體特徵上看,波利尼西亞人跟馬來人在各方面—從顱骨和鼻子的形狀,到身高和血型—顯著不同。