酸鹼度常用pH表示，不同種類的食用菌各有其可以生長的pH範圍。一般說來，木腐菌類適於在偏酸性的環境中生長，糞草腐生菌喜歡在偏鹼性的基質中生長。如猴頭菌適生範圍為pH3～4，香菇、銀耳為pH5～6，木耳為pH5.5～6.5。金針菇在pH4～8範圍內均能生長，最適pH為6。糞草腐生菌中草菇為pH7.5～9，蘑菇為pH7.2～7.5。

為使所配製的培養基能在適宜的pH範圍，應考慮：培養料的性質和配比，高溫滅菌後pH會有所降低，食用菌在生長過程會產生某些有機酸使pH下降，有些培養料在堆制發酵過程中微生物的活動也會使培養料的pH改變。所以，培養料需高溫滅菌的，應先將其pH略調高。此外，為了在培養過程中使培養基的pH能維持在適宜範圍內，常在培養基中新增一定的緩衝劑。常用的磷酸二氫鉀（KH2PO4）、磷酸氫二鉀（K2HPO4）等無機鹽，除能供給食用菌以磷、鉀等礦質營養外，還能對pH的變化起緩衝作用。鈣（Ca）不但能中和酸性，而且還有增強菌絲耐酸的作用。

測定培養基（培養料）pH的簡易方法為：液體培養基可用廣泛pH試紙直接測定。固體培養料，在加水拌勻後，可用力擠出料中所含水分，再用上述試紙測定。如果料較幹，可加適量中性水，然後攪拌澄清，再用廣泛pH試紙蘸其澄清液測定pH。實驗室還可用pH計進行較精確測定。