黴菌防治
搞好菇房消毒對菇房及四周要進行徹底消毒，消除各種雜物。用石灰或黃泥抹牆縫。用10%的新鮮石灰水塗刷牆壁、房頂及床架，用來蘇兒噴灑地面、房頂，在地面上再撒生石灰粉，最後用不著10ml/m3甲醛加5g/m3高錳酸鉀汽化進行燻蒸消毒。在平菇栽培期間，定期噴灑脫0.1%高錳酸鉀或3%-5%石炭酸。
選用優良菌種平菇菌種要選菌絲濃密、潔白、粗壯、抗雜能力強、無汙染、適齡的優質菌種。選用優質培養料培養料要新鮮，無汙染。配料內可加入2%左右的石灰、1%的石膏和平共處0.1%-0.2%的多菌靈，可抑制綠黴菌的生長。若培養料不新鮮或有黴變，要進行高溫發酵處理後再利用。
加強栽培管理菇房的溫度在栽培的初期不宜太高，空氣溼度控制在70%左右，對空氣中的黴菌生長不利，但不影響平菇菌絲的生長。栽培時，可以加大用種量，一般菌種用量應占乾料重的10%-15%，使平菇菌絲在短期內形成生長優勢。栽培過程中，適當通風換氣，控制菇房環境條件，使之有利於菌絲生長，抑制綠黴菌。
藥劑防治菌床培養料上或菌袋兩端發生少量綠黴時，用0.1%甲基託布津、0.1%-0.2%代森鋅、0.1%-0.2%多菌靈或濃石灰水上清液塗抹或噴灑被害部位，可防止分生孢子擴散蔓延，或用2%甲醛和5%石炭酸混合液處理侵染部位能抑制雜菌生長。
若菌床或菌袋出現綠黴已深入到料內，應及時用0.2%多菌靈液浸沙布蓋住，然後輕輕挖掉已汙染的料塊，在挖除後的料面噴0.2%多菌靈或其它殺菌劑，也可塗抹濃石灰乳，再用新鮮料或菌種填平，可控制其發展。對於汙染嚴重的菌袋可深埋處理。在出菇期間，可用70%的甲基託布津，或50%的多菌靈1000倍液，或10%的水劑雙效靈隔3-5天噴霧1次，能收到一定的防治效果。
黴菌防治
搞好菇房消毒對菇房及四周要進行徹底消毒，消除各種雜物。用石灰或黃泥抹牆縫。用10%的新鮮石灰水塗刷牆壁、房頂及床架，用來蘇兒噴灑地面、房頂，在地面上再撒生石灰粉，最後用不著10ml/m3甲醛加5g/m3高錳酸鉀汽化進行燻蒸消毒。在平菇栽培期間，定期噴灑脫0.1%高錳酸鉀或3%-5%石炭酸。
選用優良菌種平菇菌種要選菌絲濃密、潔白、粗壯、抗雜能力強、無汙染、適齡的優質菌種。選用優質培養料培養料要新鮮，無汙染。配料內可加入2%左右的石灰、1%的石膏和平共處0.1%-0.2%的多菌靈，可抑制綠黴菌的生長。若培養料不新鮮或有黴變，要進行高溫發酵處理後再利用。
加強栽培管理菇房的溫度在栽培的初期不宜太高，空氣溼度控制在70%左右，對空氣中的黴菌生長不利，但不影響平菇菌絲的生長。栽培時，可以加大用種量，一般菌種用量應占乾料重的10%-15%，使平菇菌絲在短期內形成生長優勢。栽培過程中，適當通風換氣，控制菇房環境條件，使之有利於菌絲生長，抑制綠黴菌。
藥劑防治菌床培養料上或菌袋兩端發生少量綠黴時，用0.1%甲基託布津、0.1%-0.2%代森鋅、0.1%-0.2%多菌靈或濃石灰水上清液塗抹或噴灑被害部位，可防止分生孢子擴散蔓延，或用2%甲醛和5%石炭酸混合液處理侵染部位能抑制雜菌生長。
若菌床或菌袋出現綠黴已深入到料內，應及時用0.2%多菌靈液浸沙布蓋住，然後輕輕挖掉已汙染的料塊，在挖除後的料面噴0.2%多菌靈或其它殺菌劑，也可塗抹濃石灰乳，再用新鮮料或菌種填平，可控制其發展。對於汙染嚴重的菌袋可深埋處理。在出菇期間，可用70%的甲基託布津，或50%的多菌靈1000倍液，或10%的水劑雙效靈隔3-5天噴霧1次，能收到一定的防治效果。