會計檔案作為單位檔案的一個主要組成部分，其檔號應納入單位檔案的整個編號系統。

檔號一般包括：全宗號、分類號、目錄號、案卷號、頁號等。全宗號。全宗號是指立檔單位的代號。全宗號設立與變更，應按《機關檔案工作條例》的有關規定執行。此號單位會計部門和檔案部門都不必填寫。分類號。分類號是指單位檔案分類序列中的類別順序號。單位檔案按照組織機構分類的，會計檔案的分類號即是其產生機構的代號；按照“文書檔案”、“科技檔案”等幾大門類分類的，會計檔案分類號即為所在門類的門類號；企業檔案按照國家檔案局頒佈的《企業檔案分類試行規則》進行分類的，會計檔案的分類號即為其所在類的代號。此號會計部門立卷時可不必填寫，歸檔後由單位檔案部門整理時填寫。目錄號。目錄號是指案卷目錄的代號。會計檔案按保管期限結合形式（名稱）設定案卷目錄。便於查詢和管理，案卷目錄應按保管期限結合時間順序排列，並編寫目錄號。同一保管期限的目錄號不能重複。案卷號。案卷號是指案卷在其所在目錄中的順序號。報表、帳簿、憑證應以本、冊為單位，一本或一冊編一個案卷號。案卷號按登入案卷目錄的先後排定，與目錄內的順序號一致，每個目錄內的案卷號不能重複。頁號：即每本（冊）會計檔案內每一頁核算材料編碼，一般在立卷時已經編定。每本會計檔案內的頁號不能重複。會計憑證一般按記帳順序裝訂。一個月內會計憑證裝訂數冊時，每冊都要加編冊號，註明本月共×冊，本冊是第×冊，以便查詢。這些冊號不是檔號，但與檔號有關，可作為注錄項注入比照財政部門規定的欄目設計的目錄內。