臨床上，放大內鏡，染色胃鏡主要是在普通胃鏡發現可疑病灶後進行區域性用放大內鏡觀察可疑組織與鄰近胃粘膜微血管反應，用特定的染色記錄粘膜著色情況。胃小區腺體開口形態及毛細血管網路。兩者連用可以提高早期胃癌的發現率。

超聲胃鏡主要用於在普通胃鏡下發現的異物，無法確定其異物的組織學層次。可透過超聲內鏡瞭解胃腸道粘膜下異物的病變性質，以及消化道腫瘤病變侵襲的深度和範圍。對於如何治療胃內異物有重要的指導意義。

染色內鏡也稱為色素內鏡，一般是講各種色素對比劑透過直接噴灑或注射的方式覆蓋在內鏡下要觀察的粘膜，使異常的粘膜與正常的粘膜顏色產生差異，對比更加明顯，從而更容易辨別或發現早期的胃腸道疾病，尤其是惡性腫瘤。染色內鏡根據染料的不同和染色方式的不同分為多種型別。

染色內鏡比普通內鏡的優越性在於：能夠更好地顯示普通內鏡檢查不易發現的病變，更有針對性的活檢，提高診斷的準確率。下圖是早期食管癌染色後（右側圖）的表現更清楚。

放大內鏡就是內鏡鏡頭具備放大能力，可以清晰顯示胃腸道粘膜的腺管開口和粘膜內的微血管等微小結構的變化，能夠發現普通內鏡難以發現或明確的早期病變，尤其是消化道早期癌症。目前臨床上一般都是放大內鏡和色素內鏡一起做，臨床上說放大內鏡，基本就是色素放大內鏡，顯示微小病變的能力更強。

超聲胃鏡在臨床主要作用是：一是胃癌的診斷，在腫瘤專科醫院是常規分期檢查，主要目的就是看胃癌侵犯胃壁的深度，就是術前的T分期，另外可以瞭解胃周淋巴結情況（N分期）。如上圖，可以看到超聲胃鏡既可以看到病變的大小和位置，也可以看到侵犯胃壁的深度。透過超聲胃鏡可以瞭解侵犯胃壁深度，可以大致瞭解能否適合內鏡下切除。

另一個重要的用途就是用來診斷胃間質瘤，胃間質瘤是起源於胃壁肌層的腫瘤，普通胃鏡只能看到光滑的粘膜隆起，而超聲胃鏡可以看到腫瘤起源於粘膜下的肌層。臨床上基本可以做出大概的臨床診斷。