5.0有通關限制的，到了二週目就可以說已經把遊戲通完了，前期沒有抓到的神獸可以選擇完全通關後再去抓，不會對遊戲造成影響的。
詳細如下
急凍鳥：113號道路寒冰小徑右上角，需要怪力術。
閃電鳥：流星瀑布最深處，綠寶石原版拿技能機器02“龍爪”的地方。
火焰鳥：冠軍之路2層的右上角。
超夢：二週目，石之洞窟推石進入的洞裡，與npc對話選否獲得破壞基因，之後去120號道路沉寂之窟。
夢幻：對戰開拓區獲得全部7個金象徽後與亞希達對話獲得古老的海圖，之後坐船去世界邊緣。
雷公：新紫堇入口右拐。
炎帝：112號道路熱焰小徑左上角，需要怪力術。
水君：彩幽市瀑布洞。
洛奇亞：抓完關東三聖鳥後，去116道路的瀑布上的右邊洞穴。
鳳王：抓完城都三神獸後，去116道路的瀑布上的左邊洞穴。
雪拉比：二週目，橙華森林湖中心的森林。
雷吉洛克：啟用海底遺蹟後111號道路沙漠最南端的沙漠遺蹟。
雷吉艾斯：啟用海底遺蹟後105號水路西北方的小島橫穴。
雷吉斯奇魯：啟用海底遺蹟後120號道路的古代墳墓。
海皇牙：同原版，二週目，詢問天氣研究所2樓的博士。
古拉頓：同原版，二週目，詢問天氣研究所2樓的博士。
裂空座：同原版，裂空座平息古拉頓、海皇牙戰鬥的劇情結束後，天空之柱頂樓。
拉迪亞斯、拉帝歐斯：二週目開始跟媽媽對話，選擇的那個全地圖隨機遇；在水靜市燈塔附近的水手處得到船票，之後坐船去南方小島可捕捉沒選的那個。
基拉祈：對戰開拓區獲得全部7個銀象徽後與亞希達對話獲得許願星，之後去綠嶺市，調查一塊白色岩石。
迪奧西斯：擊敗坂木、交還4塊隕石後，去綠嶺市宇航中心2樓的博士處得到船票，之後坐船去誕生島。
雷吉奇卡斯：抓完雷吉洛克，雷吉艾斯，雷吉斯奇魯後的海底遺蹟。
迪亞魯卡：三週目，寢龍鎮源初之山頂部的靜止之刻。
帕魯奇亞：三週目，寢龍鎮源初之山頂部的斷空瀑布。
基拉帝納：三週目，抓到超夢後到送神火山塔內頂樓，調查白色墓碑到達反轉世界，戰勝惡系道館並捕捉蓋諾塞克特後在反轉世界盡頭遇到。
克蕾塞莉婭：三週目，夢源鎮右下角房子睡覺。
達克萊伊：三週目，月魘鎮左上角房子睡覺。
瑪娜菲：三週目光輝之海某處潛水，到深海之殿。
賽伊米：捕獲基拉帝納後的輪迴鎮一青年處獲得冥界之花，再與綠蔭鎮右下角一女子對話獲得感恩之花，最後去二週目繽紛之路的北面的花之海。
阿爾宙斯：捕獲迪亞魯卡，帕魯奇亞和基拉帝納，Wraith摩天樓全部地區通過後擊敗艾沃利獲得天界之笛，去源初之山頂部創世神殿（身上不得帶大師球）。
維庫提尼：三週目，紅蓮之窟最深處。
烈希拉姆：三週目，去沉默地下街調查神秘文字後，幻龍之塔左邊的現實之間。
捷克羅姆：三週目，去沉默地下街調查神秘文字後，幻龍之塔右邊的理想之間。
白色丘雷姆：三週目，抓完烈希拉姆和捷克羅姆並與阿庫羅馬交談後，永凍之窟深處的調和之間。
黑色丘雷姆：三週目，抓完烈希拉姆和捷克羅姆並與阿庫羅馬交談後，淺灘洞穴深處的調和之間。
凱爾迪奧：三週目諒解之路右邊的清澈溪流頂部。
蓋諾塞克特：反轉世界斷罪之間，需打敗火箭隊前研究員。
5.0有通關限制的，到了二週目就可以說已經把遊戲通完了，前期沒有抓到的神獸可以選擇完全通關後再去抓，不會對遊戲造成影響的。
詳細如下
急凍鳥：113號道路寒冰小徑右上角，需要怪力術。
閃電鳥：流星瀑布最深處，綠寶石原版拿技能機器02“龍爪”的地方。
火焰鳥：冠軍之路2層的右上角。
超夢：二週目，石之洞窟推石進入的洞裡，與npc對話選否獲得破壞基因，之後去120號道路沉寂之窟。
夢幻：對戰開拓區獲得全部7個金象徽後與亞希達對話獲得古老的海圖，之後坐船去世界邊緣。
雷公：新紫堇入口右拐。
炎帝：112號道路熱焰小徑左上角，需要怪力術。
水君：彩幽市瀑布洞。
洛奇亞：抓完關東三聖鳥後，去116道路的瀑布上的右邊洞穴。
鳳王：抓完城都三神獸後，去116道路的瀑布上的左邊洞穴。
雪拉比：二週目，橙華森林湖中心的森林。
雷吉洛克：啟用海底遺蹟後111號道路沙漠最南端的沙漠遺蹟。
雷吉艾斯：啟用海底遺蹟後105號水路西北方的小島橫穴。
雷吉斯奇魯：啟用海底遺蹟後120號道路的古代墳墓。
海皇牙：同原版，二週目，詢問天氣研究所2樓的博士。
古拉頓：同原版，二週目，詢問天氣研究所2樓的博士。
裂空座：同原版，裂空座平息古拉頓、海皇牙戰鬥的劇情結束後，天空之柱頂樓。
拉迪亞斯、拉帝歐斯：二週目開始跟媽媽對話，選擇的那個全地圖隨機遇；在水靜市燈塔附近的水手處得到船票，之後坐船去南方小島可捕捉沒選的那個。
基拉祈：對戰開拓區獲得全部7個銀象徽後與亞希達對話獲得許願星，之後去綠嶺市，調查一塊白色岩石。
迪奧西斯：擊敗坂木、交還4塊隕石後，去綠嶺市宇航中心2樓的博士處得到船票，之後坐船去誕生島。
雷吉奇卡斯：抓完雷吉洛克，雷吉艾斯，雷吉斯奇魯後的海底遺蹟。
迪亞魯卡：三週目，寢龍鎮源初之山頂部的靜止之刻。
帕魯奇亞：三週目，寢龍鎮源初之山頂部的斷空瀑布。
基拉帝納：三週目，抓到超夢後到送神火山塔內頂樓，調查白色墓碑到達反轉世界，戰勝惡系道館並捕捉蓋諾塞克特後在反轉世界盡頭遇到。
克蕾塞莉婭：三週目，夢源鎮右下角房子睡覺。
達克萊伊：三週目，月魘鎮左上角房子睡覺。
瑪娜菲：三週目光輝之海某處潛水，到深海之殿。
賽伊米：捕獲基拉帝納後的輪迴鎮一青年處獲得冥界之花，再與綠蔭鎮右下角一女子對話獲得感恩之花，最後去二週目繽紛之路的北面的花之海。
阿爾宙斯：捕獲迪亞魯卡，帕魯奇亞和基拉帝納，Wraith摩天樓全部地區通過後擊敗艾沃利獲得天界之笛，去源初之山頂部創世神殿（身上不得帶大師球）。
維庫提尼：三週目，紅蓮之窟最深處。
烈希拉姆：三週目，去沉默地下街調查神秘文字後，幻龍之塔左邊的現實之間。
捷克羅姆：三週目，去沉默地下街調查神秘文字後，幻龍之塔右邊的理想之間。
白色丘雷姆：三週目，抓完烈希拉姆和捷克羅姆並與阿庫羅馬交談後，永凍之窟深處的調和之間。
黑色丘雷姆：三週目，抓完烈希拉姆和捷克羅姆並與阿庫羅馬交談後，淺灘洞穴深處的調和之間。
凱爾迪奧：三週目諒解之路右邊的清澈溪流頂部。
蓋諾塞克特：反轉世界斷罪之間，需打敗火箭隊前研究員。