根據你選擇的玩家難度的不同，允許存檔的次數也不一樣，從易、中、難、

（Eady、Normal、Hard），次數分別是5、3、0，也就是說Hard模式存不了。

遊戲過程中，按字母“I”鍵，然後選擇Upload……（上傳……）是存，

要讀取，選擇Download……（下載……），存一次電池電量就少一些，

電池沒電了就存不了。

秘密潛入2的存檔是那個config.qvm檔案，這個檔案記錄的內容包括你玩到哪一關，各關的成績，還包括遊戲的一些相關設定（解析度、鍵盤設定等……）

如果不是這個檔案，那麼你就是被騙了。放的位置就在遊戲資料夾裡，和遊戲主程式什麼的都在同一個位置。

另外，想要顯示所有關卡不必用存檔的，直接一個組合鍵就可以了，在剛開啟遊戲的介面，就是選擇單人遊戲、多人遊戲、遊戲設定的選單的位置，按下一個組合鍵：左Ctr+l左Shift+F9，然後進入單人遊戲，就可以看到所有關卡了（遊戲分三個難度等級對吧？這個組合鍵可以顯示當前難度等級以及比當前低的等級），當然，要想顯示所有19卡的前提是：你的遊戲必須是完整的，你才能顯示所有19關，如果你的遊戲只有13關，那麼這個方法就只能顯示到第3關。