發源於秘魯境內安第斯山脈科迪勒拉山系的東坡，有兩支河源：一支為馬拉尼翁河(Maranon，通常以該河作為亞馬孫河的正源)，發源於秘魯境內安第斯山高山區；另一支為烏卡亞利(Ucay-ali)河，該河源頭名叫阿普里馬克(Apunmac)河。馬拉尼翁河及烏卡亞利河穿過崇山峻嶺後在秘魯的瑙塔(Nauta)附近匯合。
亞馬孫河正源馬拉尼翁河發源於秘魯瓦魯科省與利馬省交界的耶魯帕哈峰(海拔6632m)東南坡，該河東邊是巴西古陸核，北邊為帕斯塔薩(Pastaza)窪地，南邊為烏卡馬拉(Ucamara)窪地。馬拉尼翁河干流全長約1600km，若從其支流瓦亞加(Huallaga)河算起，總長為1905km，多年平均流量為10876m3/s。馬拉尼翁河左岸較大的支流有帕克查(Paccha)河、查馬亞(Chamaya)河、切涅帕(Cenepa)河、聖地亞哥河[Santiago，該河還有2條支流：保持(Paute)河、薩莫拉(Zamora)河]、莫羅納(Morona)河、帕斯塔薩(Pastaza)河、努庫賴(Nucuray)河、烏里圖雅庫(Urituvacu)河、錢比拉(Chambira)河和蒂格雷(Tigre)河[該河還有以下支流匯入：平多雅庫(Pindoyacu)河、科納姆波(Conambo)河、唐加拉納(Tangarana)河和科裡思特(Corrientes)河]等。右岸主要支流有伊馬薩(Tmaza)河、涅瓦(Nieva)河、瓦亞加河、薩米里亞河(Samiria，該河為黑水河)等。
發源於秘魯境內安第斯山脈科迪勒拉山系的東坡，有兩支河源：一支為馬拉尼翁河(Maranon，通常以該河作為亞馬孫河的正源)，發源於秘魯境內安第斯山高山區；另一支為烏卡亞利(Ucay-ali)河，該河源頭名叫阿普里馬克(Apunmac)河。馬拉尼翁河及烏卡亞利河穿過崇山峻嶺後在秘魯的瑙塔(Nauta)附近匯合。
亞馬孫河正源馬拉尼翁河發源於秘魯瓦魯科省與利馬省交界的耶魯帕哈峰(海拔6632m)東南坡，該河東邊是巴西古陸核，北邊為帕斯塔薩(Pastaza)窪地，南邊為烏卡馬拉(Ucamara)窪地。馬拉尼翁河干流全長約1600km，若從其支流瓦亞加(Huallaga)河算起，總長為1905km，多年平均流量為10876m3/s。馬拉尼翁河左岸較大的支流有帕克查(Paccha)河、查馬亞(Chamaya)河、切涅帕(Cenepa)河、聖地亞哥河[Santiago，該河還有2條支流：保持(Paute)河、薩莫拉(Zamora)河]、莫羅納(Morona)河、帕斯塔薩(Pastaza)河、努庫賴(Nucuray)河、烏里圖雅庫(Urituvacu)河、錢比拉(Chambira)河和蒂格雷(Tigre)河[該河還有以下支流匯入：平多雅庫(Pindoyacu)河、科納姆波(Conambo)河、唐加拉納(Tangarana)河和科裡思特(Corrientes)河]等。右岸主要支流有伊馬薩(Tmaza)河、涅瓦(Nieva)河、瓦亞加河、薩米里亞河(Samiria，該河為黑水河)等。