涉密檔案的管理包括收文、發文和日常管理三個主要環節。

1、涉密檔案(包括確定密級的檔案資料、圖表、刊物、教材等)的擬製、印刷、傳遞、承辦、借閱、保管、歸檔、移交和銷燬，必須嚴格履行審批、清點、登記、簽字等手續。

2、涉密檔案由各單位機要保密人員統一管理，閱辦涉密檔案必須在辦公室或者安全保密的場所進行，涉密檔案應存放在鐵皮櫃內;對密級檔案必須實行專人保管，專冊登記，專櫃存放，個人不得私自儲存涉密檔案資料。

3、發出、收進和內部運轉的涉密電報、檔案、資料，必須登記、編號，在交接時，必須履行簽字手續。外出開會發的秘密檔案，要妥善保管，回單位後及時交給機要人員處理;

4、傳閱涉密檔案、資料，由機要人員直接傳遞，不得逾越機要人員任意橫傳。因工作需要長時間使用的，要向機要人員辦理手續。

6、凡因工作需要影印、印製涉密檔案資料，應按規定辦理相關手續。影印後的涉密檔案資料要按原件密級管理。

7、確因工作需要攜帶涉密檔案資料外出的，需經主管領導批准並採取相應的保密措施。不準在公共場所停留、遊覽、購物、探親訪友等，返回單位後要及時交機要保密人員保管，確保國家秘密安全。

8、當工作發生變動時，應將自己使用的檔案、資料進行清理，全部移交;

9、涉密檔案資料的清退和銷燬。閱辦的涉密檔案應當及時清退，需要銷燬的涉密檔案資料，交由市保密局統一集中銷燬，個人均不可自行、隨意銷燬。嚴禁將各類涉密載體或者內部資料、刊物當廢品出售。對違反保密規定，使涉密檔案資料發生失洩密的，依照國家法律和有關規定嚴肅處理，追究責任。

10、涉密檔案資料須定期收回上交，發現丟失，及時彙報並立即追查處理。

11、需要銷燬的涉密檔案資料由保密部門造冊，按照有關保密法規的規定，由領導批准後統一處理，不得擅自銷燬。