天然藥物是自然環境中生長，不受人為因素指導，自生自長的動物，植物，一切礦物，(基因物或經其他因素所成之物除外)這些物種在現代醫藥理論指導下臨床醫學使用的天然藥用物質及其製劑。

天然藥物學研究範圍其實並不太好圈定。可以分為廣義與狹義，傳統與現代天然藥物學。 廣義上取自自然界動物，植物，微生物等生物，甚至礦物的物質，透過各種方式把它們加工作為藥物，就是天然產物來源藥物。狹義上指來源於生物的代謝產物，透過分離提前純化，並能鑑定出結構的有效成分，透過基礎和臨床醫學驗證後的藥物。傳統意義上，世界各國的傳統醫學藥物，如中藥，印度草藥，很多屬於天然藥物。但是這些藥物成分複雜，藥理作用不明晰。 現代天然產物藥物， 是建立在近現代化學生物基礎科學發展基礎上的，從天然物質中開發研究單體藥物，學科誕生標誌一般認為是德國醫生塞特納從罌粟中提取出嗎啡，後來的弗萊明從麴黴中提取鑑定出青黴素，瓦克斯曼從鏈黴菌中提取鑑定鏈黴素，帶來了抗生素髮展的黃金期，中國的屠呦呦提取的青蒿素，也屬於天然藥物。這一領域目前在兩個方向上很有發展前景。1.研究包括中藥在內的傳統醫學藥方或藥材，提取分離鑑定並濃縮其有效成分，用實驗藥理學研究闡明其藥理作用。2.運用現代化學合成，基因工程技術，生物轉化以及酶工程等技術改造天然藥物結構，或提高有效天然藥物產率。